Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC18.9■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms