Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms