Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
USP4Q13107 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
USP4Q13107 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
USP4Q13107 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
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