Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN4AP35499 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms