Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms