Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
COL6A1P12109 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms