Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 SIK3-212ENST00000488337 4220 ntTSL 1 (best)6.67□□□□□ -1.343e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 ASCC1-209ENST00000524829 581 ntTSL 46.36□□□□□ -1.393e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 RSPRY1-205ENST00000562768 585 ntTSL 45.68□□□□□ -1.53e-10■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 ASCC1-206ENST00000461369 640 ntTSL 35.31□□□□□ -1.563e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 MGEA5-204ENST00000429860 769 ntTSL 34.81□□□□□ -1.643e-10■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 ASCC1-216ENST00000531048 450 ntTSL 53.51□□□□□ -1.853e-7■■■■□ 23.5
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SF3A3Q12874 KDM4C-202ENST00000381309 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.59□□□□□ -0.712e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 KDM4C-205ENST00000428870 3039 ntTSL 2 BASIC8.32□□□□□ -1.082e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 KDM4C-215ENST00000543771 3332 ntTSL 2 BASIC7.53□□□□□ -1.22e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 KDM4C-214ENST00000536108 3406 ntTSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.442e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 EPS8L2-217ENST00000530452 704 ntTSL 315.32■□□□□ 0.045e-8■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 BTBD19-208ENST00000489976 539 ntTSL 220.06■□□□□ 0.81e-10■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 BTBD19-204ENST00000464114 505 ntTSL 319.69■□□□□ 0.741e-10■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SEMA4G-209ENST00000519649 2024 ntTSL 515.94■□□□□ 0.142e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 ARFRP1-204ENST00000609537 593 ntTSL 311.52□□□□□ -0.571e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 PRPF8-207ENST00000573681 1044 ntTSL 212.75□□□□□ -0.373e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 MSH5-205ENST00000395853 2704 ntTSL 2 BASIC9.46□□□□□ -0.93e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.961e-23■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.781e-23■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.421e-23■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 CHD1L-205ENST00000467213 2782 ntTSL 1 (best)16.53■□□□□ 0.241e-23■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 CHD1L-202ENST00000369258 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.11e-23■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 CHD1L-210ENST00000622533 2937 ntTSL 514.38□□□□□ -0.111e-23■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 CHD1L-208ENST00000488864 2415 ntTSL 214.15□□□□□ -0.141e-23■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-234ENST00000492871 1065 ntTSL 322.71■■□□□ 1.231e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-235ENST00000493138 694 ntTSL 321.36■■□□□ 1.011e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.891e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.521e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.51e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-213ENST00000453943 656 ntTSL 1 (best)17.78■□□□□ 0.441e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.351e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.311e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-219ENST00000470040 2548 ntTSL 216.24■□□□□ 0.191e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.121e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.051e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-230ENST00000485838 774 ntTSL 315.14■□□□□ 0.011e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 01e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.231e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 GUK1-212ENST00000435153 865 ntTSL 311.22□□□□□ -0.611e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 RNF213-220ENST00000582970 21055 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC7.78□□□□□ -1.161e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 RNF213-204ENST00000508628 17730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.431e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 PHKA2-204ENST00000469645 728 ntTSL 515.11■□□□□ 0.011e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SUN1-206ENST00000413171 4488 ntTSL 512.35□□□□□ -0.437e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SUN1-202ENST00000389574 3812 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.26□□□□□ -0.617e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SUN1-205ENST00000405266 4062 ntTSL 5 BASIC11.01□□□□□ -0.657e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SUN1-210ENST00000425407 3868 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.37□□□□□ -0.757e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SUN1-219ENST00000452783 3717 ntTSL 2 BASIC10.35□□□□□ -0.757e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SUN1-203ENST00000401592 3953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.98□□□□□ -0.817e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.761e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.062e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.062e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-209ENST00000525228 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 415.02■□□□□ -02e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.012e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.012e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.012e-7■■■■□ 23.4
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SF3A3Q12874 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.012e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.012e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.12e-7■■■■□ 23.4
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SF3A3Q12874 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.162e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC14.08□□□□□ -0.162e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.192e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.83□□□□□ -0.22e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-218ENST00000530890 774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.83□□□□□ -0.22e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.22e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.222e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.312e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.312e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.42□□□□□ -0.422e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-230ENST00000551122 733 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.73□□□□□ -0.532e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-204ENST00000396887 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.612e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-229ENST00000549213 654 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC10.74□□□□□ -0.692e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 IL32-216ENST00000529699 672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.982e-7■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SLC7A6-202ENST00000379152 5074 ntTSL 1 (best)10.11□□□□□ -0.796e-8■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SLC7A6-201ENST00000219343 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.23□□□□□ -0.936e-8■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SLC7A6-205ENST00000563080 1030 ntTSL 58.54□□□□□ -1.046e-8■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SLC7A6-216ENST00000618043 6124 ntTSL 5 BASIC8.05□□□□□ -1.126e-8■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SLC7A6-209ENST00000566454 6308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.92□□□□□ -1.146e-8■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SLC7A6-210ENST00000566579 526 ntTSL 45.6□□□□□ -1.516e-8■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 MCRIP2-204ENST00000575894 1728 nt18.27■□□□□ 0.521e-11■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 AC007388.1-202ENST00000443038 522 ntTSL 418.59■□□□□ 0.571e-12■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 AC007388.1-203ENST00000422128 596 ntTSL 417.28■□□□□ 0.361e-12■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 AC007388.1-204ENST00000449569 2517 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.031e-12■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 AC007388.1-207ENST00000446698 593 ntTSL 511.45□□□□□ -0.581e-12■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 AC007388.1-208ENST00000438649 1901 ntTSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.641e-12■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 AC007388.1-201ENST00000426083 1438 ntTSL 1 (best) BASIC7.68□□□□□ -1.181e-12■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 SBF1-205ENST00000470434 2139 ntTSL 520.27■□□□□ 0.842e-6■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 DLST-201ENST00000238671 1464 ntTSL 211.67□□□□□ -0.542e-16■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 DLST-202ENST00000334220 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.722e-16■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 DLST-210ENST00000555492 569 ntTSL 39.31□□□□□ -0.922e-16■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 DLST-204ENST00000554612 1479 ntTSL 29.08□□□□□ -0.962e-16■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 DLST-207ENST00000555089 1078 ntTSL 1 (best)8.62□□□□□ -1.032e-16■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 DLST-208ENST00000555190 803 ntTSL 48.07□□□□□ -1.122e-16■■■■□ 23.4
SF3A3Q12874 DLST-213ENST00000556460 563 ntTSL 37.79□□□□□ -1.162e-16■■■■□ 23.4
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