Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
USP4Q13107 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
USP4Q13107 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
USP4Q13107 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms