Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms