Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
MSX1P28360 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
MSX1P28360 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
MSX1P28360 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms