Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

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Length 892 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Sh3rf1Q69ZI1 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Sh3rf1Q69ZI1 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Sh3rf1Q69ZI1 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Sh3rf1Q69ZI1 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Sh3rf1Q69ZI1 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Sh3rf1Q69ZI1 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
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