Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

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Length 892 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC36.92■■■■□ 3.5
Sh3rf1Q69ZI1 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
Sh3rf1Q69ZI1 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
Sh3rf1Q69ZI1 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
Sh3rf1Q69ZI1 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.2■■■□□ 2.9
Sh3rf1Q69ZI1 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
Sh3rf1Q69ZI1 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
Sh3rf1Q69ZI1 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
Sh3rf1Q69ZI1 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC32.13■■■□□ 2.73
Sh3rf1Q69ZI1 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
Sh3rf1Q69ZI1 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
Sh3rf1Q69ZI1 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
Sh3rf1Q69ZI1 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC31.36■■■□□ 2.61
Sh3rf1Q69ZI1 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
Sh3rf1Q69ZI1 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
Sh3rf1Q69ZI1 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
Sh3rf1Q69ZI1 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
Sh3rf1Q69ZI1 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
Sh3rf1Q69ZI1 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC30.81■■■□□ 2.52
Sh3rf1Q69ZI1 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.52
Sh3rf1Q69ZI1 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
Sh3rf1Q69ZI1 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
Sh3rf1Q69ZI1 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
Sh3rf1Q69ZI1 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
Sh3rf1Q69ZI1 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC30.41■■■□□ 2.46
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
Sh3rf1Q69ZI1 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC30.13■■■□□ 2.41
Sh3rf1Q69ZI1 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Sh3rf1Q69ZI1 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
Sh3rf1Q69ZI1 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
Sh3rf1Q69ZI1 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Sh3rf1Q69ZI1 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Sh3rf1Q69ZI1 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Sh3rf1Q69ZI1 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Sh3rf1Q69ZI1 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
Sh3rf1Q69ZI1 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
Sh3rf1Q69ZI1 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC29.65■■■□□ 2.34
Sh3rf1Q69ZI1 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Sh3rf1Q69ZI1 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Sh3rf1Q69ZI1 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Sh3rf1Q69ZI1 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Sh3rf1Q69ZI1 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Sh3rf1Q69ZI1 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Sh3rf1Q69ZI1 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Sh3rf1Q69ZI1 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
Sh3rf1Q69ZI1 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Sh3rf1Q69ZI1 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Sh3rf1Q69ZI1 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Sh3rf1Q69ZI1 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Sh3rf1Q69ZI1 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
Sh3rf1Q69ZI1 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Sh3rf1Q69ZI1 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Sh3rf1Q69ZI1 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
Sh3rf1Q69ZI1 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Sh3rf1Q69ZI1 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
Sh3rf1Q69ZI1 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
Sh3rf1Q69ZI1 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Sh3rf1Q69ZI1 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Sh3rf1Q69ZI1 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Sh3rf1Q69ZI1 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Sh3rf1Q69ZI1 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Sh3rf1Q69ZI1 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Sh3rf1Q69ZI1 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Sh3rf1Q69ZI1 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Sh3rf1Q69ZI1 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Sh3rf1Q69ZI1 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Sh3rf1Q69ZI1 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
Sh3rf1Q69ZI1 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Sh3rf1Q69ZI1 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Sh3rf1Q69ZI1 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Sh3rf1Q69ZI1 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Sh3rf1Q69ZI1 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Sh3rf1Q69ZI1 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Sh3rf1Q69ZI1 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Sh3rf1Q69ZI1 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Sh3rf1Q69ZI1 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Sh3rf1Q69ZI1 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Sh3rf1Q69ZI1 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Sh3rf1Q69ZI1 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
Sh3rf1Q69ZI1 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Sh3rf1Q69ZI1 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
Sh3rf1Q69ZI1 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
Sh3rf1Q69ZI1 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Sh3rf1Q69ZI1 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
Sh3rf1Q69ZI1 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Sh3rf1Q69ZI1 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Sh3rf1Q69ZI1 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Sh3rf1Q69ZI1 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Sh3rf1Q69ZI1 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Sh3rf1Q69ZI1 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Sh3rf1Q69ZI1 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Sh3rf1Q69ZI1 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Sh3rf1Q69ZI1 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Sh3rf1Q69ZI1 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC27.77■■■□□ 2.04
Sh3rf1Q69ZI1 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
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