Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC33.83■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC33.82■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
COL3A1P02461 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
COL3A1P02461 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
COL3A1P02461 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
COL3A1P02461 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
COL3A1P02461 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
COL3A1P02461 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC33.79■■■■□ 3
COL3A1P02461 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC33.79■■■■□ 3
COL3A1P02461 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL3A1P02461 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL3A1P02461 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL3A1P02461 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL3A1P02461 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC33.78■■■■□ 3
COL3A1P02461 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL3A1P02461 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL3A1P02461 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
COL3A1P02461 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC33.77■■■■□ 3
COL3A1P02461 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
COL3A1P02461 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
COL3A1P02461 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
COL3A1P02461 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
COL3A1P02461 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC33.76■■■■□ 3
COL3A1P02461 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
COL3A1P02461 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC33.76■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC33.74■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC33.74■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC33.71■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
COL3A1P02461 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC33.69■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.66■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC33.66■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC33.64■■■□□ 2.98
COL3A1P02461 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC33.59■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL3A1P02461 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC33.55■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC33.54■■■□□ 2.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms