RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555905.5

TMEM260-208, Transcript of transmembrane protein 260, human

TSL 5

Gene TMEM260, Length 766 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TMEM260-208	ENST00000555905	RASGRP1	O95267	797 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TNF	P01375	233 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ITPKA	P23677	461 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	OAS2	P29728	719 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	RPA3	P35244	121 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	DPP6	P42658	865 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	BLK	P51451	505 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SLC18A1	P54219	525 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ATP6V0D1	P61421	351 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ARHGAP8	P85298	464 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	PPARD	Q03181	441 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SIM2	Q14190	667 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ALG11	Q2TAA5	492 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	PYCR3	Q53H96	274 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ACSBG2	Q5FVE4	666 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TPRG1L	Q5T0D9	272 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TMEM207	Q6UWW9	146 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	NAPRT	Q6XQN6	538 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	CHST15	Q7LFX5	561 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	RD3	Q7Z3Z2	195 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	CLEC14A	Q86T13	490 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	PARG	Q86W56	976 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	HID1	Q8IV36	788 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	CFAP206	Q8IYR0	622 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	CENPL	Q8N0S6	344 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	MYO1H	Q8N1T3	1032 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	PLD6	Q8N2A8	252 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	OXR1	Q8N573	874 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ARFGAP2	Q8N6H7	521 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	C1orf216	Q8TAB5	229 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	FAM76A	Q8TAV0	307 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SKA2	Q8WVK7	121 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ANKRD49	Q8WVL7	239 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TSACC	Q96A04	125 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	NXNL1	Q96CM4	212 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	PDXP	Q96GD0	296 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	PDLIM5	Q96HC4	596 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SCYL1	Q96KG9	808 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	OR2M4	Q96R27	311 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	C1QTNF1	Q9BXJ1	281 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	DERL2	Q9GZP9	239 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	CNOT10	Q9H9A5	744 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	GPR27	Q9NS67	375 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	IGSF5	Q9NSI5	407 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SUSD2	Q9UGT4	822 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SLCO1B1	Q9Y6L6	691 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	DGKB	Q9Y6T7	804 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TNRC6B	Q9UPQ9	1833 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SPAG17	Q6Q759	2223 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905		A0A1B0GTW7	788 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SLC5A10	A0PJK1	596 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	CCDC189	A1A4V9	331 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905		H3BM21	787 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	VILL	O15195	856 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	GPC4	O75487	556 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SLCO2B1	O94956	709 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TOP3B	O95985	862 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	FUCA1	P04066	466 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	WNT1	P04628	370 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ACP5	P13686	325 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	GMPR	P36959	345 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	MAPK9	P45984	424 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	DMPK	Q09013	629 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	RPA4	Q13156	261 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	LRP8	Q14114	963 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	FZD2	Q14332	565 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	GBX1	Q14549	363 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ACAP2	Q15057	778 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	CCDC153	Q494R4	210 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	N4BP2L1	Q5TBK1	243 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	PRR23B	Q6ZRT6	265 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	NEK10	Q6ZWH5	1172 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	RABEPK	Q7Z6M1	372 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	C11orf96	Q7Z7L8	435 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SPATA6L	Q8N4H0	392 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ANKRD42	Q8N9B4	389 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TCP10L	Q8TDR4	215 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	GLMN	Q92990	594 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TFB2M	Q9H5Q4	396 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	COG4	Q9H9E3	785 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TM7SF3	Q9NS93	570 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	KLC4	Q9NSK0	619 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	FAM53C	Q9NYF3	392 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	SLC23A2	Q9UGH3	650 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TSR3	Q9UJK0	312 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	ACSL5	Q9ULC5	683 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	DNAJC16	Q9Y2G8	782 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	PLLP	Q9Y342	182 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	PCYT1B	Q9Y5K3	369 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	LRP4	O75096	1905 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	PABPN1L	A6NDY0	278 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	BTN3A1	O00481	513 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TSPAN12	O95859	305 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	RBP1	P09455	135 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	MPC1L	P0DKB6	136 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	CTSE	P14091	401 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	CD1D	P15813	335 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	TFEB	P19484	476 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	IDS	P22304	550 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TMEM260-208	ENST00000555905	HOXD12	P35452	270 aa		10.81	□□□□□ -0.68

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.3 ms