RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555904.1

ABCD4-223, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 3

Gene ABCD4, Length 582 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-223	ENST00000555904	ESR1	P03372	595 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	RET	P07949	1114 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	SYP	P08247	313 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF8	P17098	575 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	GP5	P40197	560 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	MSH2	P43246	934 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	LEPR	P48357	1165 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ARRB1	P49407	418 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ADAR	P55265	1226 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	NXPH1	P58417	271 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	SRP54	P61011	504 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	MPP1	Q00013	466 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	PPARD	Q03181	441 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	TRIM61	Q5EBN2	209 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF648	Q5T619	568 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	IL27RA	Q6UWB1	636 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	RD3	Q7Z3Z2	195 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ADGRG6	Q86SQ4	1221 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	LRRTM4	Q86VH4	590 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	HID1	Q8IV36	788 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	OXR1	Q8N573	874 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	RASGEF1A	Q8N9B8	481 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	LPGAT1	Q92604	370 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	MRRF	Q96E11	262 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	PANX3	Q96QZ0	392 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	BOC	Q9BWV1	1114 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ZDHHC5	Q9C0B5	715 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ARRDC1-AS1	Q9H2J1	176 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	CARS2	Q9HA77	564 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	CYP4F12	Q9HCS2	524 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	GPR27	Q9NS67	375 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	DNAJC28	Q9NX36	388 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC17A6	Q9P2U8	582 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ATXN10	Q9UBB4	475 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	NCDN	Q9UBB6	729 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC6A14	Q9UN76	642 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	GPR34	Q9UPC5	381 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ANKRD6	Q9Y2G4	727 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	COMMD10	Q9Y6G5	202 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	BPTF	Q12830	3046 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	TRPM6	Q9BX84	2022 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	KLHL33	A6NCF5	533 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	POC1B-GALNT4	F8VUJ3	575 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	KHNYN	O15037	678 aa	Known RBP	12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	KMO	O15229	486 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	GRID2	O43424	1007 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	NUAK1	O60285	661 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	OR1I1	O60431	355 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	PIAS1	O75925	651 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	S1PR4	O95977	384 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	TNF	P01375	233 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	LMNA	P02545	664 aa	Known RBP	12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	WNT1	P04628	370 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	CEACAM5	P06731	702 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	GSTM1	P09488	218 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	CTSE	P14091	401 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	RPS3	P23396	243 aa	Known RBP eCLIP	12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	FMO4	P31512	558 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	SPR	P35270	261 aa	Predicted RBP	12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	NBL1	P41271	181 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	GNPDA1	P46926	289 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	POLD2	P49005	469 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ATXN3	P54252	364 aa	Predicted RBP	12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC12A2	P55011	1212 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	CSE1L	P55060	971 aa	Known RBP	12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	GSTM4	Q03013	218 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	LRP8	Q14114	963 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	FZD2	Q14332	565 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	EFTUD2	Q15029	972 aa	Known RBP eCLIP	12.35	□□□□□ -0.43	4e-13	■■■□□ 15.2
ABCD4-223	ENST00000555904	INSC	Q1MX18	579 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	KHDC1	Q4VXA5	237 aa	Known RBP	12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	GRTP1	Q5TC63	336 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	LGSN	Q5TDP6	509 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC23A3	Q6PIS1	610 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	CRTC3	Q6UUV7	619 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	MICALCL	Q6ZW33	695 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	CLDN19	Q8N6F1	224 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	GPATCH11	Q8N954	259 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	SGF29	Q96ES7	293 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	PDXP	Q96GD0	296 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	ATXN7L3B	Q96GX2	97 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	OR2M4	Q96R27	311 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	PAFAH2	Q99487	392 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	RHOJ	Q9H4E5	214 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	FGF22	Q9HCT0	170 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM86C1	Q9NVL1	165 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	FETUB	Q9UGM5	382 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	SUFU	Q9UMX1	484 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	GPSM3	Q9Y4H4	160 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	NUMA1	Q14980	2115 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	LRRK1	Q38SD2	2015 aa		12.34	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	CXorf49	A8MYA2	514 aa	Predicted RBP	12.34	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	CHUK	O15111	745 aa		12.34	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	KPNA5	O15131	536 aa		12.34	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	DFNA5	O60443	496 aa		12.34	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	VPS26A	O75436	327 aa		12.34	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	KRT37	O76014	449 aa		12.34	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	KRT38	O76015	456 aa		12.34	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	HAUS5	O94927	633 aa		12.34	□□□□□ -0.43
ABCD4-223	ENST00000555904	CER1	O95813	267 aa		12.34	□□□□□ -0.43

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