RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409945.1

USP40-202, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP40, Length 1,946 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-202ENST00000409945 FOXD4Q12950 439 aaPredicted RBP6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 PKP1Q13835 747 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 ZNF280DQ6N043 979 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 LVRNQ6Q4G3 990 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 MRGPREQ86SM8 312 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 CAND1Q86VP6 1230 aaKnown RBP6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 PALB2Q86YC2 1186 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 CSGALNACT1Q8TDX6 532 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 ATRIPQ8WXE1 791 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 GRAMD1AQ96CP6 724 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 PRR11Q96HE9 360 aaPredicted RBP6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 RPGRIP1Q96KN7 1286 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 Q96MF0 132 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 ZNF560Q96MR9 790 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 SEPSECSQ9HD40 501 aaKnown RBP6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 ZDHHC7Q9NXF8 308 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 NOL12Q9UGY1 213 aaKnown RBP eCLIP6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 C2CD2Q9Y426 696 aa6.66□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 TCF20Q9UGU0 1960 aaKnown RBP6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 TTC28Q96AY4 2481 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 A0A1B0GVL5 298 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 ZNF233A6NK53 670 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 LACTBL1A8MY62 500 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 M0QZQ0 153 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 EXTL3O43909 919 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 SOAT2O75908 522 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 MBD3O95983 291 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 AGR2O95994 175 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 HNRNPA1P09651 372 aaKnown RBP eCLIP6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 TMEM191BP0C7N4 346 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 EGR2P11161 476 aaPredicted RBP6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 PFKFB1P16118 471 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 EPCAMP16422 314 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 PBX1P40424 430 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 ACOT2P49753 483 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 SEC24CP53992 1094 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 YWHAHQ04917 246 aaPredicted RBP6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 ATP1A4Q13733 1029 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 CYP1B1Q16678 543 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 PPM1LQ5SGD2 360 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 TANGO2Q6ICL3 276 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 VWA1Q6PCB0 445 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 RRAGAQ7L523 313 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 RNF168Q8IYW5 571 aaPredicted RBP6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 THEM5Q8N1Q8 247 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 GPD1LQ8N335 351 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 FSIP1Q8NA03 581 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 TDRD5Q8NAT2 981 aaKnown RBP6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 CMASQ8NFW8 434 aaPredicted RBP6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 VN1R2Q8NFZ6 395 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 SUN3Q8TAQ9 357 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 TFAP2BQ92481 460 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 RFKQ969G6 155 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 ANKRD36BP1Q96IX9 119 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 FNBP1Q96RU3 617 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 FAM213AQ9BRX8 229 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 RMND1Q9NWS8 449 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 RBAKQ9NYW8 714 aaPredicted RBP6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 CPSF3Q9UKF6 684 aaKnown RBP6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 MAFFQ9ULX9 164 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 STYXL1Q9Y6J8 313 aa6.65□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 XIRP2A4UGR9 3374 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 HMX3A6NHT5 357 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PRRG1O14668 218 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ZSCAN9O15535 394 aaPredicted RBP6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 DCXO43602 365 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SMC2O95347 1197 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TNNC2P02585 160 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ANXA6P08133 673 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ELFN1P0C7U0 828 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TRIM21P19474 475 aaKnown RBP6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 AKT1P31749 480 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 OR1D2P34982 312 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TNFSF9P41273 254 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PLD1Q13393 1074 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 BIRC3Q13489 604 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CUL4BQ13620 913 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 KCNC3Q14003 757 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 NAB2Q15742 525 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TBCCQ15814 346 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CTXN3Q4LDR2 81 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TIGD2Q4W5G0 525 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SPATA1Q5VX52 437 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TPGS2Q68CL5 300 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 JADE1Q6IE81 842 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PRSS55Q6UWB4 352 aaPredicted RBP6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 MOGAT3Q86VF5 341 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 RASGRP3Q8IV61 690 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 VRK3Q8IV63 474 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 LNX2Q8N448 690 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SLC44A3Q8N4M1 653 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 B3GALNT2Q8NCR0 500 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 LRRC15Q8TF66 581 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SLC22A17Q8WUG5 538 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SMG7Q92540 1137 aaKnown RBP6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ZNF503Q96F45 646 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 FIZ1Q96SL8 496 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PAAF1Q9BRP4 392 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 VN1R3Q9BXE9 311 aa6.64□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 DPP3Q9NY33 737 aa6.64□□□□□ -1.35
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