RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486549.5

USP4-212, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 5

Gene USP4, Length 749 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-212ENST00000486549 STK10O94804 968 aaKnown RBP14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SLC4A1P02730 911 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 GOLGA6DP0CG33 693 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 CDK18Q07002 472 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 AGERQ15109 404 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 PARGQ86W56 976 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 RHBDD1Q8TEB9 315 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ATG4AQ8WYN0 398 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 COQ10AQ96MF6 247 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 TRIB3Q96RU7 358 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 MLPHQ9BV36 600 aaPredicted RBP14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 GPR27Q9NS67 375 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 TRMT1Q9NXH9 659 aaKnown RBP14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 GOLGA6AQ9NYA3 693 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 FAM153AQ9UHL3 310 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 CD84Q9UIB8 345 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 TRHDEQ9UKU6 1024 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 OR1A2Q9Y585 309 aa14.77□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 C1orf232A0A0U1RR37 186 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SPTY2D1-AS1A0A0U1RR47 76 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SPAARA0A1B0GVQ0 90 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ANKRD66B4E2M5 251 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 PSMD11O00231 422 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ZSCAN12O43309 604 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 CLDN7O95471 211 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 C1SP09871 688 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 PIRTP0C851 137 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 TNNT3P45378 269 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 RXRGP48443 463 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 YPEL5P62699 121 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SIM1P81133 766 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 MTM1Q13496 603 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 PTK2BQ14289 1009 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SLC14A2Q15849 920 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 INAVAQ3KP66 663 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ANKRD20A2Q5SQ80 823 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ANKRD20A1Q5TYW2 823 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ANKRD20A3Q5VUR7 823 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ITPRIPL1Q6GPH6 555 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 CCDC70Q6NSX1 233 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 RFLNAQ6ZTI6 216 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 Q6ZVL8 140 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SLC13A5Q86YT5 568 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 REXO1L1PQ8IX06 675 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 PELI3Q8N2H9 469 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 IPMKQ8NFU5 416 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 CCDC110Q8TBZ0 833 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SAP25Q8TEE9 199 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 UBE2Q2Q8WVN8 375 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 TADA1Q96BN2 335 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 DTD2Q96FN9 168 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 OXNAD1Q96HP4 312 aaPredicted RBP14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 FCRL5Q96RD9 977 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 APOOQ9BUR5 198 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 TLR10Q9BXR5 811 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 GBA3Q9H227 469 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 CARD9Q9H257 536 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 PCOLCE2Q9UKZ9 415 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 DNPEPQ9ULA0 475 aa14.76□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 K7ESM1 405 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ENC1O14682 589 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 NDST3O95803 873 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ZNF30P17039 623 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 PSMB4P28070 264 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 GRK6P43250 576 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 WNT3AP56704 352 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 PTSQ03393 145 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 FOXC1Q12948 553 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 EIF2B5Q13144 721 aaKnown RBP14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ESRP1Q6NXG1 681 aaKnown RBP14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 KDELC1Q6UW63 502 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 MACC1Q6ZN28 852 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SLC25A41Q8N5S1 370 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 EID2Q8N6I1 236 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 FAM71DQ8N9W8 422 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SPATA13Q96N96 652 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 CDC6Q99741 560 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 USP29Q9HBJ7 922 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 UCKL1Q9NWZ5 548 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SHOC2Q9UQ13 582 aa14.75□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 LRP4O75096 1905 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 PCNX2A6NKB5 2137 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 H3BM21 787 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 CACNB4O00305 520 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 TOR1BO14657 336 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 FFAR2O15552 330 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 CEP104O60308 925 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 NME1P15531 152 aaKnown RBP14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 JUNDP17535 347 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 HTR1BP28222 390 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 CXCR5P32302 372 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 STC1P52823 247 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 HNRNPKP61978 463 aaKnown RBP eCLIP14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 MPP3Q13368 585 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 SNX1Q13596 522 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 NFATC4Q14934 902 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 TRIP6Q15654 476 aaKnown RBP14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 ZNF569Q5MCW4 686 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 RAET1GQ6H3X3 334 aa14.74□□□□□ -0.05
USP4-212ENST00000486549 PNCKQ6P2M8 343 aa14.74□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.4 ms