RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000393824.7

CUX1-204, Transcript of cut like homeobox 1, human

TSL 2 BASIC

Gene CUX1, Length 2,331 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-204	ENST00000393824	MFSD2A	Q8NA29	543 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	HEXIM2	Q96MH2	286 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	ZNF560	Q96MR9	790 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TBCB	Q99426	244 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CYP3A43	Q9HB55	503 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	RABL2B	Q9UNT1	228 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TIMM22	Q9Y584	194 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	LTBP2	Q14767	1821 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	FNDC1	Q4ZHG4	1894 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CFAP99	D6REC4	459 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	STX16-NPEPL1	H3BU86	382 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PIK3R2	O00459	728 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	GABRD	O14764	452 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	APOL1	O14791	398 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	AQP9	O43315	295 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PRPSAP2	O60256	369 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PABPC1	P11940	636 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	MYF6	P23409	242 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	SLC7A1	P30825	629 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	RPL9	P32969	192 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PNPLA4	P41247	253 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	BNIP3	Q12983	259 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	NR1D2	Q14995	579 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CYP2A13	Q16696	494 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	LSM12	Q3MHD2	195 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	ZBTB49	Q6ZSB9	765 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CYP4V2	Q6ZWL3	525 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TAS1R1	Q7RTX1	841 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TTC30A	Q86WT1	665 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TMEM199	Q8N511	208 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	EMC1	Q8N766	993 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	ANKFN1	Q8N957	763 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TDRD5	Q8NAT2	981 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	OR10T2	Q8NGX3	314 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	UBA3	Q8TBC4	463 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CDKL2	Q92772	493 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	VN1R3	Q9BXE9	311 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	RHOBTB2	Q9BYZ6	727 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	GBA3	Q9H227	469 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	FAM124B	Q9H5Z6	455 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	ZBTB26	Q9HCK0	441 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	STAU2	Q9NUL3	570 aa	Known RBP eCLIP	11.2	□□□□□ -0.62	3e-6	■□□□□ 8.8
CUX1-204	ENST00000393824	CORIN	Q9Y5Q5	1042 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PTPRS	Q13332	1948 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TCRBV3S1	A0A5B6	114 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CLDN5	O00501	218 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	HDAC3	O15379	428 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	HUS1	O60921	280 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	GABBR2	O75899	941 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CSPG5	O95196	566 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	VAPB	O95292	243 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PFKM	P08237	780 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	BMP2	P12643	396 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	RBL1	P28749	1068 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	ATXN3	P54252	364 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TRAP1	Q12931	704 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	MMRN1	Q13201	1228 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PMS2P3	Q13401	168 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	OXA1L	Q15070	435 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	MTX3	Q5HYI7	312 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TTC33	Q6PID6	262 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	NAPRT	Q6XQN6	538 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	FRA10AC1	Q70Z53	315 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PACRGL	Q8N7B6	248 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	ACD	Q96AP0	544 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	SLCO4A1	Q96BD0	722 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PEBP4	Q96S96	227 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CIB1	Q99828	191 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	NT5C1A	Q9BXI3	368 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	DRC3	Q9H069	523 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	IL23A	Q9NPF7	189 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CRTAC1	Q9NQ79	661 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	MYO7A	Q13402	2215 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	ABHD14A-ACY1	A0A1B0GW23	586 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	MYBPHL	A2RUH7	354 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	KRBA1	A5PL33	1030 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TCAF2	A6NFQ2	919 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	C2CD4B	A6NLJ0	364 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	KPNA4	O00629	521 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	DPYSL4	O14531	572 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	H2AFY	O75367	372 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	BEST1	O76090	585 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	MICAL2	O94851	1124 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	GALT	P07902	379 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	OR4Q2	P0C623	313 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	RFC2	P35250	354 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	CCT8	P50990	548 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PTK2B	Q14289	1009 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	RAB39A	Q14964	217 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	TMEM240	Q5SV17	173 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	GPR107	Q5VW38	600 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	PAQR9	Q6ZVX9	377 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	LRRTM3	Q86VH5	581 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	HERC6	Q8IVU3	1022 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	SLC15A4	Q8N697	577 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	ZSCAN18	Q8TBC5	510 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-204	ENST00000393824	URGCP	Q8TCY9	931 aa		11.19	□□□□□ -0.62

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