RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000529045.1

PTPN22-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 22, human

TSL 4

Gene PTPN22, Length 527 nt, Biotype nonsense mediated decay.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN22-208	ENST00000529045	SPTLC1	O15269	473 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	SULF1	Q8IWU6	871 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	ANKK1	Q8NFD2	765 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	SNRK	Q9NRH2	765 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	KDM5C	P41229	1560 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	MOXD2P	A6NHM9	499 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	TUSC1	Q2TAM9	212 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	PACS2	Q86VP3	889 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	ZFR	Q96KR1	1074 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		10.11	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	NPAT	Q14207	1427 aa		10.11	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	MLEC	Q14165	292 aa		10.11	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	LAPTM4B	Q86VI4	370 aa		10.11	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	BANK1	Q8NDB2	785 aa		10.11	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	NDUFV2	P19404	249 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	QPCT	Q16769	361 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	COG6	Q9Y2V7	657 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	CPS1	P31327	1500 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPN22-208	ENST00000529045	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	SOWAHB	A6NEL2	793 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	PLCH2	O75038	1416 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	LILRB3	O75022	631 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	GJA5	P36382	358 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	TMEM259	Q4ZIN3	620 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	ABCA6	Q8N139	1617 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	RDH13	Q8NBN7	331 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	WBP1L	Q9NX94	342 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	TOM1	O60784	492 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	KDM4A	O75164	1064 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	SLC10A3	P09131	477 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	PTPRK	Q15262	1439 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	NCOA2	Q15596	1464 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	TONSL	Q96HA7	1378 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	HOXA2	O43364	376 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	RAD21	O60216	631 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	HSPA1L	P34931	641 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	GCGR	P47871	477 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPN22-208	ENST00000529045	HFM1	A2PYH4	1435 aa		10.02	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		10.02	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	SWT1	Q5T5J6	900 aa	Known RBP	10.02	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	CDKN2AIP	Q9NXV6	580 aa	Predicted RBP	10.02	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	HLA-C	Q95604	372 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	LRCH3	Q96II8	777 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	PCDHGC3	Q9UN70	934 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		10	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		10	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	GUCA2A	Q02747	115 aa		10	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	TRIM52	Q96A61	297 aa		10	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		10	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	KIF14	Q15058	1648 aa		10	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	USP46	P62068	366 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	IFFO2	Q5TF58	517 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	PRPF38B	Q5VTL8	546 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	GDPD2	Q9HCC8	539 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	SYNM	O15061	1565 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	AP1G2	O75843	785 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	USP17L8	P0C7I0	530 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	TSR3	Q9UJK0	312 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	FDX1	P10109	184 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	ITGAE	P38570	1179 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPN22-208	ENST00000529045		A0A0G2JS52	829 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PTPN22-208	ENST00000529045	ITGBL1	O95965	494 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.82

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