RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000325599.12

SHQ1-201, Transcript of SHQ1, H/ACA ribonucleoprotein assembly factor, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene SHQ1, Length 2,879 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHQ1-201ENST00000325599 OLFM1Q99784 485 aa16.51■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 NT5MQ9NPB1 228 aa16.51■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 DSEQ9UL01 958 aa16.51■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 MTF2Q9Y483 593 aaPredicted RBP16.51■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 MAGEA13PA6NCF6 341 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 STX16-NPEPL1H3BU86 382 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 CFLARO15519 480 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 KPNA6O60684 536 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 CNTN5O94779 1100 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PEX11BO96011 259 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 ASGR1P07306 291 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 HAPLN1P10915 354 aaPredicted RBP16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 COL6A2P12110 1019 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 CYBAP13498 195 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 MLLT6P55198 1093 aaPredicted RBP16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PKNOX1P55347 436 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 SLC10A7Q0GE19 358 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 ACAD11Q709F0 780 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 BEND5Q7L4P6 421 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 GDPD5Q8WTR4 605 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 USP13Q92995 863 aaPredicted RBP16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TRAPPC9Q96Q05 1148 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 POMKQ9H5K3 350 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 CDYLQ9Y232 598 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 RNASEH1O60930 286 aaKnown RBP16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 LYNP07948 512 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 GRK4P32298 578 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PLK1P53350 603 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 ATXN3P54252 364 aaPredicted RBP16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 AQP4P55087 323 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 MSLNQ13421 630 aaPredicted RBP16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 CYLC2Q14093 348 aaPredicted RBP16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 ALFQ53S48 1182 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 SH2D4BQ5SQS7 431 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 KBTBD6Q86V97 674 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PDSS2Q86YH6 399 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 KYQ8NBH2 561 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 CNDP1Q96KN2 507 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TUBGCP5Q96RT8 1024 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TRIM62Q9BVG3 475 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 MRPL46Q9H2W6 279 aaKnown RBP16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 ZNF385DQ9H6B1 395 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TNFRSF12AQ9NP84 129 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TRMT13Q9NUP7 481 aaKnown RBP16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 GABRQQ9UN88 632 aa16.5■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 DOCK4Q8N1I0 1966 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TBX18O95935 607 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 CPB1P15086 417 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PPARGP37231 505 aaPredicted RBP16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 CD86P42081 329 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 THOP1P52888 689 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TRIP10Q15642 601 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 MAPRE1Q15691 268 aaKnown RBP16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 KDELC1Q6UW63 502 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TRIM67Q6ZTA4 783 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 SH3RF2Q8TEC5 729 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PABPC5Q96DU9 382 aaKnown RBP16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 HMCESQ96FZ2 354 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 IGSF5Q9NSI5 407 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TLL2Q9Y6L7 1015 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PDLIM1O00151 329 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 GJB3O75712 270 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 DPP6P42658 865 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 DSC2Q02487 901 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 CRHR2Q13324 411 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 KIAA0930Q6ICG6 404 aaPredicted RBP16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TIGD7Q6NT04 549 aaPredicted RBP16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 IFNL1Q8IU54 200 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 JADE3Q92613 823 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 GTSE1Q9NYZ3 720 aa16.49■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 ENO3P13929 434 aaPredicted RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 SLC12A2P55011 1212 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 KCNA10Q16322 511 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PTAR1Q7Z6K3 402 aaPredicted RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 RP9Q8TA86 221 aaKnown RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 SNRNP27Q8WVK2 155 aaKnown RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 ABTB1Q969K4 478 aaPredicted RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 COPG1Q9Y678 874 aaKnown RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 XRCC1P18887 633 aaPredicted RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PAMP19021 973 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 ZNF354CQ86Y25 554 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 CPSF7Q8N684 471 aaKnown RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 TTC9BQ8N6N2 239 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 NPAS2Q99743 824 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 MRPL57Q9BQC6 102 aaKnown RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 KLHL4Q9C0H6 718 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 VCX3BQ9H321 246 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 VCX3AQ9NNX9 186 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 OR51F1A6NGY5 319 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 SOAT2O75908 522 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PRKAA2P54646 552 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 PTCD2Q8WV60 388 aaKnown RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 ANKRD49Q8WVL7 239 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 MRM3Q9HC36 420 aaKnown RBP16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 VTI1BQ9UEU0 232 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 STK39Q9UEW8 545 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 KCTD3Q9Y597 815 aa16.48■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 MANSC4A6NHS7 340 aaPredicted RBP16.47■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 ZNF24P17028 368 aa16.47■□□□□ 0.23
SHQ1-201ENST00000325599 MS4A2Q01362 244 aa16.47■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37 ms