RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557076.5

SCFD1-223, Transcript of sec1 family domain containing 1, human

TSL 3

Gene SCFD1, Length 743 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SCFD1-223	ENST00000557076	LSAMP	Q13449	338 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TOB2	Q14106	344 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	HECTD3	Q5T447	861 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SFMBT2	Q5VUG0	894 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	STEAP3	Q658P3	488 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	KDM7A	Q6ZMT4	941 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	DPH6	Q7L8W6	267 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	BBS7	Q8IWZ6	715 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	KBTBD2	Q8IY47	623 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076		Q8N1X5	172 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	FAM169B	Q8N8A8	192 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	PHOSPHO1	Q8TCT1	267 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SNX19	Q92543	992 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	WASF1	Q92558	559 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	VCPIP1	Q96JH7	1222 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SLITRK1	Q96PX8	696 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CCNL2	Q96S94	520 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	BBS2	Q9BXC9	721 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	BTBD1	Q9H0C5	482 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SLC25A18	Q9H1K4	315 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	EPB41L1	Q9H4G0	881 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	BARX1	Q9HBU1	254 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	GJB4	Q9NTQ9	266 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	DDX19A	Q9NUU7	478 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CHORDC1	Q9UHD1	332 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TMEFF2	Q9UIK5	374 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CROT	Q9UKG9	612 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	L1RE1	Q9UN81	338 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	PCDHB1	Q9Y5F3	818 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	COL5A1	P20908	1838 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	MYO16	Q9Y6X6	1858 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	DENND4C	Q5VZ89	1909 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076		A0A1W2PPC4	97 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	NEDD8-MDP1	E9PL57	170 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TLR4	O00206	839 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	MUSK	O15146	869 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	OPA1	O60313	960 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ATP2C2	O75185	946 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	FSBP	O95073	299 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	GJB6	O95452	261 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SEMA4F	O95754	770 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SLPI	P03973	132 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	FAM163B	P0C2L3	166 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	POU3F2	P20265	443 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	LMO2	P25791	158 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ANXA13	P27216	316 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	YWHAQ	P27348	245 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	RBMS1	P29558	406 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	MCM7	P33993	719 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CCT6A	P40227	531 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ECI1	P42126	302 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	LIG4	P49917	911 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CDH8	P55286	799 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ORC2	Q13416	577 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SOWAHA	Q2M3V2	549 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SLFN12L	Q6IEE8	588 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	LAYN	Q6UX15	382 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	RUFY3	Q7L099	469 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ZNF227	Q86WZ6	799 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	PPIL6	Q8IXY8	311 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	NUP93	Q8N1F7	819 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	LRRC52	Q8N7C0	313 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	RCBTB1	Q8NDN9	531 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	OR2T3	Q8NH03	318 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CACTIN	Q8WUQ7	758 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	UCMA	Q8WVF2	138 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SGF29	Q96ES7	293 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	BICD1	Q96G01	975 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ZNF560	Q96MR9	790 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	DEPDC7	Q96QD5	511 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	MSTO1	Q9BUK6	570 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ZNF747	Q9BV97	191 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TRIM9	Q9C026	710 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SGK2	Q9HBY8	427 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	GDF3	Q9NR23	364 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	GEMIN8	Q9NWZ8	242 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ELOVL2	Q9NXB9	296 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	IL37	Q9NZH6	218 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	KCND2	Q9NZV8	630 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	LARS	Q9P2J5	1176 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CDH9	Q9ULB4	789 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	PCDHGA8	Q9Y5G5	932 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	STYXL1	Q9Y6J8	313 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CIT	O14578	2027 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ARID2	Q68CP9	1835 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076		A0A1W2PR77	199 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	FAM92A	A1XBS5	289 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	BLACE	A4D250	179 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CDRT15L2	A8MXV6	281 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	C10orf142	B7Z368	130 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076		E9PMD0	336 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076		F8VP50	259 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	HNRNPDL	O14979	420 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	RTN3	O95197	1032 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	IL18RAP	O95256	599 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	WNT1	P04628	370 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	IGHV4-34	P06331	123 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	GP1BA	P07359	652 aa		4.93	□□□□□ -1.62

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