RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	AMPD1	P23109	780 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	CDH5	P33151	784 aa	Predicted RBP	9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	IL12RB1	P42701	662 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	CSNK1E	P49674	416 aa	Known RBP	9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	TPMT	P51580	245 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	DAOA	P59103	153 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	NOMO3	P69849	1222 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	KRT83	P78385	493 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SLC18A3	Q16572	532 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	GEN1	Q17RS7	908 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	RAB41	Q5JT25	222 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	C10orf120	Q5SQS8	335 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	FAM102A	Q5T9C2	384 aa	Predicted RBP	9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	BSPRY	Q5W0U4	402 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	HGSNAT	Q68CP4	663 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PM20D1	Q6GTS8	502 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	DCUN1D2	Q6PH85	259 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	MMS22L	Q6ZRQ5	1243 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SND1	Q7KZF4	910 aa	Known RBP eCLIP	9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	TMPRSS7	Q7RTY8	843 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	GPRIN1	Q7Z2K8	1008 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	TMPRSS6	Q8IU80	811 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SCML4	Q8N228	414 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	CCDC112	Q8NEF3	446 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	CTNNBL1	Q8WYA6	563 aa	Predicted RBP	9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SIPA1	Q96FS4	1042 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	P2RY11	Q96G91	374 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	CPXM1	Q96SM3	734 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PCDHB18P	Q96TA0	734 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	CHP1	Q99653	195 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	NMUR1	Q9HB89	426 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	POPDC2	Q9HBU9	364 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	ITM2C	Q9NQX7	267 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PARVA	Q9NVD7	372 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	TMEM51	Q9NW97	253 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	CLIC5	Q9NZA1	410 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	KIAA1522	Q9P206	1035 aa	Predicted RBP	9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	USP36	Q9P275	1121 aa	Known RBP	9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	ARHGAP20	Q9P2F6	1191 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	MYO1A	Q9UBC5	1043 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SLC12A6	Q9UHW9	1150 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	KLF15	Q9UIH9	416 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	BTBD3	Q9Y2F9	522 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SLCO1B1	Q9Y6L6	691 aa		9.02	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	FAM170A	A1A519	330 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	FAM92A	A1XBS5	289 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	METTL12	A8MUP2	240 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	GFRA2	O00451	464 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	DDX3X	O00571	662 aa	Known RBP eCLIP	9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SYNCRIP	O60506	623 aa	Known RBP	9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	FLNB	O75369	2602 aa	Known RBP	9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	LTF	P02788	710 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PLEK	P08567	350 aa	Predicted RBP	9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	H2AFZ	P0C0S5	128 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	ACADM	P11310	421 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	MMP8	P22894	467 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	MAGEA1	P43355	309 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	GABRB2	P47870	512 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PCBP4	P57723	403 aa	Known RBP	9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	COG7	P83436	770 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SWI5	Q1ZZU3	235 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	DCAF6	Q58WW2	860 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	DNAJC24	Q6P3W2	148 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	WDR59	Q6PJI9	974 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	LAYN	Q6UX15	382 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	H2AFV	Q71UI9	128 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PHLDB2	Q86SQ0	1253 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PHF13	Q86YI8	300 aa	Predicted RBP	9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	MCOLN2	Q8IZK6	566 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PIP4K2C	Q8TBX8	421 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SORCS1	Q8WY21	1168 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PRCC	Q92733	491 aa	Predicted RBP	9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	RNF34	Q969K3	372 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	C11orf70	Q9BRQ4	267 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	ASNSD1	Q9NWL6	643 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	RRN3	Q9NYV6	651 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	FASTKD2	Q9NYY8	710 aa	Known RBP eCLIP	9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	THAP10	Q9P2Z0	257 aa	Predicted RBP	9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	CYTH4	Q9UIA0	394 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	MKL2	Q9ULH7	1088 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	STAP1	Q9ULZ2	295 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SNX11	Q9Y5W9	270 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	EPN1	Q9Y6I3	576 aa	Predicted RBP	9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	SCIN	Q9Y6U3	715 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	KALRN	O60229	2985 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	KIF26B	Q2KJY2	2108 aa		9.01	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520		A0A087X0T9	212 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	YJEFN3	A6XGL0	299 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520		E7ENQ6	273 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	FLRT2	O43155	660 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PAPSS1	O43252	624 aa	Predicted RBP	9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	HSF2BP	O75031	334 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	STC2	O76061	302 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	KLKB1	P03952	638 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	ERBB2	P04626	1255 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	EPHX1	P07099	455 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	FAM228B	P0C875	321 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	ZNF883	P0CG24	379 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	HLA-E	P13747	358 aa		9	□□□□□ -0.97
USP4-213	ENST00000488520	PDGFRA	P16234	1089 aa		9	□□□□□ -0.97

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