RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514901.5

NUP54-216, Transcript of nucleoporin 54, humanhuman

TSL 3

Gene NUP54, Length 500 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54-216ENST00000514901 RPL10LQ96L21 214 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 CSPG4P5Q96PW8 444 aa14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 TSGA10Q9BZW7 698 aa14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 PCDH18Q9HCL0 1135 aa14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 CD248Q9HCU0 757 aa14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 NDFIP2Q9NV92 336 aa14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 DDX56Q9NY93 547 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 BCCIPQ9P287 314 aaKnown RBP eCLIP14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 VPS51Q9UID3 782 aa14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 TFR2Q9UP52 801 aa14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 RAD54BQ9Y620 910 aa14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 CHD5Q8TDI0 1954 aa14.6□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 ARHGAP42A6NI28 874 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 CBX4O00257 560 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 KDELR3O43731 214 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 SNAP91O60641 907 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 LILRB5O75023 590 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 ZMPSTE24O75844 475 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 C7P10643 843 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 HLA-EP13747 358 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 ARSEP51690 589 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 ACCSLQ4AC99 568 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 ODF2Q5BJF6 829 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 TMCO3Q6UWJ1 677 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 C11orf74Q86VG3 221 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 SH2D3CQ8N5H7 860 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 MDGA1Q8NFP4 955 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 OR2T3Q8NH03 318 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 UBE2Q2Q8WVN8 375 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 HMGB4Q8WW32 186 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 ZNF670Q9BS34 389 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 LACRTQ9GZZ8 138 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 NOL6Q9H6R4 1146 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 LRRC19Q9H756 370 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 PRDM16Q9HAZ2 1276 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 PRSS16Q9NQE7 514 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 SBDSQ9Y3A5 250 aaKnown RBP eCLIP14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 ADGRG1Q9Y653 693 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 CKAP5Q14008 2032 aa14.59□□□□□ -0.07
NUP54-216ENST00000514901 TTC34A8MYJ7 566 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ZNF487B1APH4 448 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 RASA4BC9J798 803 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 DCLK1O15075 740 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 RASA4O43374 803 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 PSTPIP1O43586 416 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 RNASEH1O60930 286 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ZNF217O75362 1048 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 GABRG2P18507 467 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 AMPD1P23109 780 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 IL4RP24394 825 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 SERPINB6P35237 376 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 GJC1P36383 396 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ACVRL1P37023 503 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 NBL1P41271 181 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 PXNP49023 591 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 STK19P49842 368 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ZBTB16Q05516 673 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 DMWDQ09019 674 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 SERINC3Q13530 473 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 DPYSL3Q14195 570 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 DLG2Q15700 870 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ATP13A4Q4VNC1 1196 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 C9orf64Q5T6V5 341 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 AFMIDQ63HM1 303 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 DAAM2Q86T65 1068 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ZNF354CQ86Y25 554 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 CPNE8Q86YQ8 564 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 TMPRSS6Q8IU80 811 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 RNF10Q8N5U6 811 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ATP11CQ8NB49 1132 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 KIAA1524Q8TCG1 905 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 FRS2Q8WU20 508 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 CASKIN2Q8WXE0 1202 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 MRGPRX1Q96LB2 322 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 DESI2Q9BSY9 194 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 CEP44Q9C0F1 390 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 SALL4Q9UJQ4 1053 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 FARP1Q9Y4F1 1045 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 DUSP10Q9Y6W6 482 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 FANCMQ8IYD8 2048 aa14.58□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 BUB1O43683 1085 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 KRT86O43790 486 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 MT-CO1P00395 513 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 SRCP12931 536 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 NDUFV2P19404 249 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 KDELR1P24390 212 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 SERPINH1P50454 418 aaKnown RBP14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ARF5P84085 180 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 NHLH1Q02575 133 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 SFSWAPQ12872 951 aaKnown RBP14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ELAVL3Q14576 367 aaKnown RBP14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ANKRD20A8PQ5CZ79 823 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ZNF662Q6ZS27 426 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 LRRC49Q8IUZ0 686 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 PLPP6Q8IY26 295 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 SYCE1Q8N0S2 351 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 ZNF366Q8N895 744 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 GAB3Q8WWW8 586 aa14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 PRCCQ92733 491 aaPredicted RBP14.57□□□□□ -0.08
NUP54-216ENST00000514901 PTPRN2Q92932 1015 aa14.57□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 11.6 ms