RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000549308.5

PTPRR-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type R, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRR, Length 1,603 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRR-209ENST00000549308 ATF3P18847 181 aa16.23■□□□□ 0.19
PTPRR-209ENST00000549308 ESCO1Q5FWF5 840 aa16.23■□□□□ 0.19
PTPRR-209ENST00000549308 DCCP43146 1447 aa16.22■□□□□ 0.19
PTPRR-209ENST00000549308 MSH6P52701 1360 aa16.21■□□□□ 0.19
PTPRR-209ENST00000549308 LRRC7Q96NW7 1537 aa16.21■□□□□ 0.19
PTPRR-209ENST00000549308 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP16.2■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP16.2■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 COG3Q96JB2 828 aa16.2■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 SSH2Q76I76 1423 aa16.2■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 TTC21AQ8NDW8 1320 aa16.19■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 ZRANB1Q9UGI0 708 aa16.19■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 C1orf167Q5SNV9 1468 aa16.19■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP16.19■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 CFAP53Q96M91 514 aa16.19■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 KIF1AQ12756 1690 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 MTHFSP49914 203 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 CADPS2Q86UW7 1296 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 MST1RQ04912 1400 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 ORAI2Q96SN7 254 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP16.16■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 PSME1Q06323 249 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP16.15■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 OVOS2A0A0J9YW53 1432 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 OVOS2Q6IE36 1432 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRR-209ENST00000549308 PIK3C2AO00443 1686 aa16.14■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 ADAMTS8Q9UP79 889 aa16.12■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 INSRP06213 1382 aa16.12■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 AATKQ6ZMQ8 1374 aa16.12■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 USP31Q70CQ4 1352 aa16.12■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 FOXO3O43524 673 aa16.12■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 MAP2P11137 1827 aaKnown RBP16.12■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 SHPRHQ149N8 1683 aa16.11■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 FBLN1P23142 703 aa16.11■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 NLRP6P59044 892 aa16.11■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 ABTB2Q8N961 1025 aa16.11■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 POLKQ9UBT6 870 aa16.11■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 BLMP54132 1417 aaPredicted RBP16.1■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP16.1■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP16.1■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 KRT28Q7Z3Y7 464 aa16.1■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 XPCQ01831 940 aaPredicted RBP16.09■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 NUTM2GQ5VZR2 741 aa16.09■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 USP54Q70EL1 1684 aa16.09■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP16.08■□□□□ 0.17
PTPRR-209ENST00000549308 ZBED9Q6R2W3 1325 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 COL3A1P02461 1466 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 SOX12O15370 315 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 RRS1Q15050 365 aaKnown RBP16.08■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 NUDCQ9Y266 331 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 TRPM3Q9HCF6 1732 aaPredicted RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 CDK12Q9NYV4 1490 aaPredicted RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 MARF1Q9Y4F3 1742 aaKnown RBP16.06■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 DIAPH1O60610 1272 aaKnown RBP16.06■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 SLAIN2Q9P270 581 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 NPHP3Q7Z494 1330 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 PNPLA6Q8IY17 1366 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 LTBP4Q8N2S1 1624 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 LMOD2Q6P5Q4 547 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP16.05■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 BRINP3Q76B58 766 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 CCDC146Q8IYE0 955 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP16.04■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP16.04■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 DDX17Q92841 729 aaKnown RBP16.04■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRR-209ENST00000549308 SBNO1A3KN83 1393 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 ALS2Q96Q42 1657 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 PEAK1Q9H792 1746 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 MAP3K19Q56UN5 1328 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 PXDNQ92626 1479 aa16■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 AMPHP49418 695 aa16■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 KCNH5Q8NCM2 988 aa16■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 RUNDC1Q96C34 613 aa16■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 PLEKHG5O94827 1062 aa15.99■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 IL13P35225 146 aa15.99■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 SLIT3O75094 1523 aa15.99■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 TNS3Q68CZ2 1445 aa15.99■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 FLT4P35916 1363 aa15.98■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 APAF1O14727 1248 aa15.98■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 PNNQ9H307 717 aaKnown RBP15.97■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 NFAT5O94916 1531 aa15.97■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 USP19O94966 1318 aa15.97■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 LTN1O94822 1766 aa15.97■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 KIF24Q5T7B8 1368 aa15.96■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 SPATA31A3Q5VYP0 1347 aa15.96■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 ZBTB7CA1YPR0 619 aa15.96■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 EIF4A2Q14240 407 aaKnown RBP15.96■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 HSP90AB2PQ58FF8 381 aa15.96■□□□□ 0.15
PTPRR-209ENST00000549308 NHSL1Q5SYE7 1610 aa15.96■□□□□ 0.14
PTPRR-209ENST00000549308 ARHGEF10O15013 1369 aa15.96■□□□□ 0.14
PTPRR-209ENST00000549308 GCP02774 474 aa15.95■□□□□ 0.14
PTPRR-209ENST00000549308 RTL1A6NKG5 1358 aa15.95■□□□□ 0.14
PTPRR-209ENST00000549308 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa15.95■□□□□ 0.14
PTPRR-209ENST00000549308 HOXC9P31274 260 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRR-209ENST00000549308 IQSEC2Q5JU85 1478 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRR-209ENST00000549308 SOS2Q07890 1332 aaPredicted RBP15.94■□□□□ 0.14
PTPRR-209ENST00000549308 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP15.94■□□□□ 0.14
PTPRR-209ENST00000549308 FCHSD2O94868 740 aa15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 20.6 ms