RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000583649.1

CASC3-208, Transcript of CASC3, exon junction complex subunit, human

TSL 3

Gene CASC3, Length 577 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CASC3-208	ENST00000583649	FZD4	Q9ULV1	537 aa		11.65	□□□□□ -0.54
CASC3-208	ENST00000583649	TMEM131	Q92545	1883 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	STX6	O43752	255 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CS	O75390	466 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	GJB6	O95452	261 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	GP1BA	P07359	652 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	DLD	P09622	509 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	POLR2E	P19388	210 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	TXLNA	P40222	546 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	MLLT3	P42568	568 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	AFM	P43652	599 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	HARS2	P49590	506 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	GALC	P54803	685 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	UBAP2L	Q14157	1087 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	STAT4	Q14765	748 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	SHB	Q15464	509 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	NCEH1	Q6PIU2	408 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	SV2B	Q7L1I2	683 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	RSRC2	Q7L4I2	434 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	PRPF39	Q86UA1	669 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ARHGAP18	Q8N392	663 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	RDH13	Q8NBN7	331 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	STRA6	Q9BX79	667 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	IKZF4	Q9H2S9	585 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	PABPC3	Q9H361	631 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	USP29	Q9HBJ7	922 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CSNK1G1	Q9HCP0	422 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	PNPLA8	Q9NP80	782 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	PRSS16	Q9NQE7	514 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	MTPAP	Q9NVV4	582 aa	Known RBP eCLIP	11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	WDR70	Q9NW82	654 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CLIC5	Q9NZA1	410 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	TBC1D7	Q9P0N9	293 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	STK17A	Q9UEE5	414 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	RASAL2	Q9UJF2	1139 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	PCDHB1	Q9Y5F3	818 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ATM	Q13315	3056 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	NEMP2	A6NFY4	417 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	SIGLEC6	O43699	453 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	OPA1	O60313	960 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	RNASEH2A	O75792	299 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CST3	P01034	146 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ITGB2	P05107	769 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	IDE	P14735	1019 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	KCNA1	Q09470	495 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	BNIP3	Q12983	259 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	PROX2	Q3B8N5	592 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ZSCAN23	Q3MJ62	389 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	C4orf17	Q53FE4	359 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ZNF667	Q5HYK9	610 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	USP53	Q70EK8	1073 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CHST9	Q7L1S5	443 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	DENND1C	Q8IV53	801 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CCDC117	Q8IWD4	279 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CCNL2	Q96S94	520 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ORAI3	Q9BRQ5	295 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	GZF1	Q9H116	711 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	RSPH9	Q9H1X1	276 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	NCKIPSD	Q9NZQ3	722 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649		A0A1W2PQH9	124 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649		H3BQV1	296 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CYP26A1	O43174	497 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	SUV39H1	O43463	412 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	WNT1	P04628	370 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	AP3M2	P53677	418 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	SNRNP35	Q16560	246 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ZNF699	Q32M78	642 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ARL13B	Q3SXY8	428 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	SCARA3	Q6AZY7	606 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	NAPEPLD	Q6IQ20	393 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	SND1	Q7KZF4	910 aa	Known RBP eCLIP	11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ACOT1	Q86TX2	421 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CBWD2	Q8IUF1	395 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	FUK	Q8N0W3	1084 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ZSCAN1	Q8NBB4	408 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	ZSWIM2	Q8NEG5	633 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	SLC2A14	Q8TDB8	520 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CYB5D2	Q8WUJ1	264 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CCDC127	Q96BQ5	260 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	FAM84A	Q96KN4	292 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	SLC46A1	Q96NT5	459 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	CGRRF1	Q99675	332 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	DUSP23	Q9BVJ7	150 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	STARD5	Q9NSY2	213 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	GGA2	Q9UJY4	613 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	AGO1	Q9UL18	857 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	DMTF1	Q9Y222	760 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	SSUH2	Q9Y2M2	353 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	MGA	Q8IWI9	3026 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	MYLK	Q15746	1914 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	TBC1D3D	A0A087WVF3	549 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	TBC1D3I	A0A087WXS9	549 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	TBC1D3E	A0A087X179	549 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	TBC1D3K	A0A087X1G2	549 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649		A0A1W2PP55	124 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649		A0A1W2PR77	199 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	TBC1D3F	A6NER0	549 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	TBC1D3L	B9A6J9	549 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CASC3-208	ENST00000583649	MDM4	O15151	490 aa		11.61	□□□□□ -0.55

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.4 ms