RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	NUP85	Q9BW27	656 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GCOM2	Q9BZD3	368 aa	Predicted RBP	5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GOLPH3	Q9H4A6	298 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPL47	Q9HD33	250 aa	Known RBP	5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ACP6	Q9NPH0	428 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	EHD2	Q9NZN4	543 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CNOT8	Q9UFF9	292 aa	Known RBP	5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	KIAA1257	Q9ULG3	409 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PACSIN2	Q9UNF0	486 aa	Predicted RBP	5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	AKT3	Q9Y243	479 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHB4	Q9Y5E5	795 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SCIN	Q9Y6U3	715 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MYH9	P35579	1960 aa	Known RBP	5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM191C	A6NGB0	347 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TMCO5B	A8MYB1	307 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TNPO2	O14787	897 aa	Known RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SMAD7	O15105	426 aa	Known RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RAD51C	O43502	376 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PSTPIP1	O43586	416 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CEP104	O60308	925 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ERLIN2	O94905	339 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SEC31A	O94979	1220 aa	Known RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	HTR3B	O95264	441 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CALB1	P05937	261 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GLI1	P08151	1106 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	WEE2	P0C1S8	567 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MYBL2	P10244	700 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GNAT1	P11488	350 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	HARS	P12081	509 aa	Known RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	P4HA1	P13674	534 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNE1	P15382	129 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP3A5	P20815	502 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	COMT	P21964	271 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CST5	P28325	142 aa	Predicted RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CTGF	P29279	349 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ECHS1	P30084	290 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP2C19	P33261	490 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PTPN7	P35236	360 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GABRB2	P47870	512 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CD97	P48960	835 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CRYBB1	P53674	252 aa	Predicted RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RAD23B	P54727	409 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RBP5	P82980	135 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TFAM	Q00059	246 aa	Known RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GABPB1	Q06547	395 aa	Predicted RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CRHR2	Q13324	411 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MAMLD1	Q13495	774 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	DHX34	Q14147	1143 aa	Known RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SLBP	Q14493	270 aa	Known RBP eCLIP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM132D	Q14C87	1099 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SIX1	Q15475	284 aa	Predicted RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CCL14	Q16627	93 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FSCN1	Q16658	493 aa	Known RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF667	Q5HYK9	610 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SPDYC	Q5MJ68	293 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NAA35	Q5VZE5	725 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	JADE1	Q6IE81	842 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NOTUM	Q6P988	496 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC27A1	Q6PCB7	646 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKS3	Q6ZW76	656 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MAATS1	Q7Z4T9	603 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM192	Q8IY95	271 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	WDTC1	Q8N5D0	677 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM169B	Q8N8A8	192 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM35B	Q8NCS4	154 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	C3orf20	Q8ND61	904 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	C1orf131	Q8NDD1	294 aa	Known RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TRPV1	Q8NER1	839 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FNIP1	Q8TF40	1166 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	HDAC7	Q8WUI4	952 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	KRT35	Q92764	455 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZBTB10	Q96DT7	871 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CYFIP2	Q96F07	1278 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ACAP3	Q96P50	834 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PSMB7	Q99436	277 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	DUSP23	Q9BVJ7	150 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM129A	Q9BZQ8	928 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	AP5M1	Q9H0R1	490 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SDCBP2	Q9H190	292 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC4C	Q9HCJ2	640 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SEPT11	Q9NVA2	429 aa	Known RBP	5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SETD4	Q9NVD3	440 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PARVA	Q9NVD7	372 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SMARCAL1	Q9NZC9	954 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	REV1	Q9UBZ9	1251 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PCYOX1	Q9UHG3	505 aa		5.86	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PLXNA1	Q9UIW2	1896 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	C17orf102	A2RUQ5	167 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MYO1F	O00160	1098 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	KRIT1	O00522	736 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SEPT4	O43236	478 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	THAP12	O43422	761 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MED7	O43513	233 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PHF2	O75151	1096 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	HEXIM1	O94992	359 aa	Known RBP	5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FGG	P02679	453 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	HMGCR	P04035	888 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PGR	P06401	933 aa		5.85	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SETSIP	P0DME0	302 aa		5.85	□□□□□ -1.47

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