RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000487284.2

CUX1-209, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

TSL 2

Gene CUX1, Length 1,566 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-209ENST00000487284 TRADDQ15628 312 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CCNG2Q16589 344 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ODF2Q5BJF6 829 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 RAB41Q5JT25 222 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ZFYVE27Q5T4F4 411 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 SH3PXD2AQ5TCZ1 1133 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 PLPP4Q5VZY2 271 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 DUPD1Q68J44 220 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 C4orf50Q6ZRC1 276 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 GPR65Q8IYL9 337 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 C1orf54Q8WWF1 131 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ARNTL2Q8WYA1 636 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CENPIQ92674 756 aaPredicted RBP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CAVIN3Q969G5 261 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ERP44Q9BS26 406 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 DDX23Q9BUQ8 820 aaKnown RBP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 LRRC4Q9HBW1 653 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 TLR9Q9NR96 1032 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 NFU1Q9UMS0 254 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 R3HDM2Q9Y2K5 976 aaKnown RBP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 UTP11Q9Y3A2 253 aaKnown RBP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 MYO9BQ13459 2157 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ZC3H11BA0A1B0GUI2 810 aaPredicted RBP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 HHLA1C9JL84 531 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 TEX28O15482 410 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 DAB1O75553 588 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ENDOD1O94919 500 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 FBXO21O94952 628 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 TJP3O95049 919 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 VNN2O95498 520 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CXCL14O95715 111 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CNPP09543 421 aaKnown RBP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 KRT10P13645 584 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 KDELR1P24390 212 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CYP2F1P24903 491 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ECHS1P30084 290 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 DRG2P55039 364 aaKnown RBP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 MRPS5P82675 430 aaKnown RBP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 SMAD3P84022 425 aaKnown RBP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 NNTQ13423 1086 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 SMTNL2Q2TAL5 461 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 RNF19BQ6ZMZ0 732 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 SIX6OS1Q8N1H7 587 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ATAD1Q8NBU5 361 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 FAM172AQ8WUF8 416 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 TEKT4Q8WW24 435 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 IFT81Q8WYA0 676 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 TIFAQ96CG3 184 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 TBCBQ99426 244 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CRISPLD1Q9H336 500 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 RXFP1Q9HBX9 757 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 NGRNQ9NPE2 291 aaKnown RBP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 APOBEC3CQ9NRW3 190 aaKnown RBP eCLIP14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 FAM114A2Q9NRY5 505 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 FNIP2Q9P278 1114 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 PCSK1NQ9UHG2 260 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 SSX2IPQ9Y2D8 614 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 PCDHB5Q9Y5E4 795 aa14.81□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 HIDE1A8MVS5 230 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 DAPK3O43293 454 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 PRPSAP2O60256 369 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 IRS1P35568 1242 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 MATKP42679 507 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ARSEP51690 589 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 TKTL1P51854 596 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 HDAC4P56524 1084 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ATP11AP98196 1134 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ADCY2Q08462 1091 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CDO1Q16878 200 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 RAB6CQ53S08 254 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 KCNT1Q5JUK3 1230 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CCDC105Q8IYK2 499 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 TTC9BQ8N6N2 239 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ATG4AQ8WYN0 398 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 FUBP3Q96I24 572 aaKnown RBP eCLIP14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 KCNK16Q96T55 309 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 RAB6CQ9H0N0 254 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 VIPAS39Q9H9C1 493 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CNGB3Q9NQW8 809 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 FASTKD2Q9NYY8 710 aaKnown RBP eCLIP14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 IRAK3Q9Y616 596 aa14.8□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 EPOPA6NHQ4 379 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 ECEL1O95672 775 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 KCNJ1P48048 391 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 NDUFV1P49821 464 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 DAOAP59103 153 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 YWHAZP63104 245 aaKnown RBP14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 CREMQ03060 361 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 RAB33AQ14088 237 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 BOLA3Q53S33 107 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 DRICH1Q6PGQ1 229 aaPredicted RBP14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 SYDE1Q6ZW31 735 aaPredicted RBP14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 BBS12Q6ZW61 710 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 SND1Q7KZF4 910 aaKnown RBP eCLIP14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 STRADAQ7RTN6 431 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 GPRIN1Q7Z2K8 1008 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 DDX42Q86XP3 938 aaKnown RBP eCLIP14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 MRPL43Q8N983 215 aaKnown RBP14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 SPPL2BQ8TCT7 592 aa14.79□□□□□ -0.04
CUX1-209ENST00000487284 MICAL1Q8TDZ2 1067 aa14.79□□□□□ -0.04
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.6 ms