RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	RXFP3	Q9NSD7	469 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	DSE	Q9UL01	958 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	ADAMTS9	Q9P2N4	1935 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	AXIN1	O15169	862 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	GFPT2	O94808	682 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	PNMA6A	P0CW24	399 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	CD58	P19256	250 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	PDE6C	P51160	858 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	ARID5A	Q03989	594 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	RUNX3	Q13761	415 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	VEPH1	Q14D04	833 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	SF3A2	Q15428	464 aa	Known RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC6	Q16204	474 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	NAIF1	Q69YI7	327 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	CEP68	Q76N32	757 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	LRRC8A	Q8IWT6	810 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	TTC39C	Q8N584	583 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	MAB21L3	Q8N8X9	362 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	SPPL2B	Q8TCT7	592 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	C2orf15	Q8WU43	125 aa	Known RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	GAB3	Q8WWW8	586 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	SYN2	Q92777	582 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	USP13	Q92995	863 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	BAG1	Q99933	345 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	ARRDC1-AS1	Q9H2J1	176 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	DEF6	Q9H4E7	631 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	EBF3	Q9H4W6	596 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	CYP3A43	Q9HB55	503 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	ABI2	Q9NYB9	513 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHB4	Q9Y5E5	795 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	SNX9	Q9Y5X1	595 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-208	ENST00000437607	KPNA7	A9QM74	516 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF225	M0QZC1	329 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TRDMT1	O14717	391 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TM4SF5	O14894	197 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	HUS1	O60921	280 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TADA3	O75528	432 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	EPN2	O95208	641 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	EGF	P01133	1207 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ARSA	P15289	507 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	RAP1GAP	P47736	663 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	KLHL30	Q0D2K2	578 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	MEA1	Q16626	185 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	HS1BP3	Q53T59	392 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SDHAF4	Q5VUM1	108 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	E4F1	Q66K89	784 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TXNDC8	Q6A555	127 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SMYD5	Q6GMV2	418 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	KBTBD6	Q86V97	674 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	VPS36	Q86VN1	386 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	METTL23	Q86XA0	190 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	THEM5	Q8N1Q8	247 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	RBBP8NL	Q8NC74	664 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	EZH1	Q92800	747 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	GCNA	Q96QF7	691 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PKMYT1	Q99640	499 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	DNAI2	Q9GZS0	605 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM124B	Q9H5Z6	455 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	THG1L	Q9NWX6	298 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ASCC3	Q8N3C0	2202 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC163	A0A0D9SF12	145 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF40	O75150	1001 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	IPO7	O95373	1038 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SERPING1	P05155	500 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	FECH	P22830	423 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	HNRNPH3	P31942	346 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CYLC1	P35663	651 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	AVPR1A	P37288	418 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	LIMK1	P53667	647 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CCZ1B	P86790	482 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CCZ1	P86791	482 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SMARCB1	Q12824	385 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC142	Q17RM4	750 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PLA2G2C	Q5R387	149 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM270	Q6UE05	265 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TMTC1	Q8IUR5	882 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ADGRF2	Q8IZF7	708 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TOP6BL	Q8N6T0	577 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC22A12	Q96S37	553 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CISH	Q9NSE2	258 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TDP1	Q9NUW8	608 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	GDAP2	Q9NXN4	497 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	AIPL1	Q9NZN9	384 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ZMYM5	Q9UJ78	669 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHB5	Q9Y5E4	795 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	BZW2	Q9Y6E2	419 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	FOXN3	O00409	490 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ARHGAP6	O43182	974 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	HCRT	O43612	131 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	FOXD2	O60548	495 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	RPP40	O75818	363 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF806	P0C7X5	589 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SKIL	P12757	684 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ACAT1	P24752	427 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CYP2F1	P24903	491 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	DDX6	P26196	483 aa	Known RBP eCLIP	12.81	□□□□□ -0.36	4e-6	■■■■□ 24.4
PTPRF-208	ENST00000437607	GJA4	P35212	333 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PRKCI	P41743	596 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	GALK1	P51570	392 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	BPIFB4	P59827	614 aa		12.81	□□□□□ -0.36

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