RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000272638.13

UBXN4-201, Transcript of UBX domain protein 4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene UBXN4, Length 4,006 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBXN4-201ENST00000272638 SLC2A14Q8TDB8 520 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 EDEM1Q92611 657 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 NUDCD1Q96RS6 583 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 PCYT2Q99447 389 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 STRA6Q9BX79 667 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 TMEM134Q9H6X4 195 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 NUDT5Q9UKK9 219 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 DCTN3O75935 186 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 TYK2P29597 1187 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 ATXN3P54252 364 aaPredicted RBP13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 MCL1Q07820 350 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 SPRED3Q2MJR0 410 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 RNF135Q8IUD6 432 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 SREK1Q8WXA9 508 aaKnown RBP13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 HEY2Q9UBP5 337 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 BARX2Q9UMQ3 279 aaPredicted RBP13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 WDR3Q9UNX4 943 aaKnown RBP eCLIP13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 A8MUI8 341 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CFLARO15519 480 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 PPP1R26Q5T8A7 1209 aaPredicted RBP13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 FAM161BQ96MY7 647 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 NACA2Q9H009 215 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 MANSC1Q9H8J5 431 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 USH1CQ9Y6N9 552 aa13.06□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 LOC100653049A0A140TA62 436 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 NDC80O14777 642 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 KRT34O76011 436 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 RAD23BP54727 409 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 RTP1P59025 263 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 DGKDQ16760 1214 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 RAB6CQ53S08 254 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 NLRP9Q7RTR0 991 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 ALLCQ8N6M5 410 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 USP6NLQ92738 828 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 EXT2Q93063 718 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 STAMBPL1Q96FJ0 436 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 TTC1Q99614 292 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 TRIM56Q9BRZ2 755 aaKnown RBP13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 RAB6CQ9H0N0 254 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 ZFATQ9P243 1243 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 SMG5Q9UPR3 1016 aaKnown RBP13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 LTBP4Q8N2S1 1624 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CLDN5O00501 218 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 RECQL4O94761 1208 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 F7P08709 466 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CETPP11597 493 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 SLC12A2P55011 1212 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CHI3L2Q15782 390 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 LRRC36Q1X8D7 754 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 RSPH3Q86UC2 560 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 SMC1BQ8NDV3 1235 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 TLCD1Q96CP7 247 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 MRPL45Q9BRJ2 306 aaKnown RBP13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 NXF3Q9H4D5 531 aaKnown RBP13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 IFT122Q9HBG6 1241 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 SIGLEC16A6NMB1 481 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 DFFAO00273 331 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 NCAM1P13591 858 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 MAP3K7CLP57077 242 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 DPYSL3Q14195 570 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 TAF1BQ53T94 588 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 C16orf46Q6P387 395 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CRLF3Q8IUI8 442 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 RYBPQ8N488 228 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 ZNF518BQ9C0D4 1074 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 TUBGCP4Q9UGJ1 667 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CPSF3Q9UKF6 684 aaKnown RBP13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 AP4E1Q9UPM8 1137 aa13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 COL22A1Q8NFW1 1626 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 TCRBV7S3A2A0A539 114 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 NQO1P15559 274 aaKnown RBP13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CYP2F1P24903 491 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 GTF2A2P52657 109 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 DEUP1Q05D60 604 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 SLC1A5Q15758 541 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 FNBP1LQ5T0N5 605 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CCDC125Q86Z20 511 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 RMDN2Q96LZ7 410 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 MAGEB18Q96M61 343 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 SLC17A7Q9P2U7 560 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 RBPJLQ9UBG7 517 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CASTOR2A6NHX0 329 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CELF2O95319 508 aaKnown RBP13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 ADIGQ0VDE8 80 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 TAF1CQ15572 869 aaPredicted RBP13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 GNASQ5JWF2 1037 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 ANKS1BQ7Z6G8 1248 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CD101Q93033 1021 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 SYT11Q9BT88 431 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 MECRQ9BV79 373 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 VPS33BQ9H267 617 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 FAM120AQ9NZB2 1118 aaKnown RBP eCLIP13.04□□□□□ -0.326e-7■□□□□ 8.6
UBXN4-201ENST00000272638 NOP53Q9NZM5 478 aaKnown RBP13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 PAK5Q9P286 719 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 C11orf97A0A1B0GVM6 126 aaPredicted RBP13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CCDC160A6NGH7 325 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 NEMP1O14524 444 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 PPEF2O14830 753 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 CDKN2BP42772 138 aa13.04□□□□□ -0.32
UBXN4-201ENST00000272638 BOLA3Q53S33 107 aa13.04□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 57.6 ms