RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	KIAA0319L	Q8IZA0	1049 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PDIK1L	Q8N165	341 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	EMC1	Q8N766	993 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ANKRD42	Q8N9B4	389 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	OR6J1	Q8NGC5	347 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TRAF3IP1	Q8TDR0	691 aa	Predicted RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DENND1A	Q8TEH3	1009 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PYROXD1	Q8WU10	500 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RXFP2	Q8WXD0	754 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	APBB2	Q92870	758 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	HAUS1	Q96CS2	278 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FAF2	Q96CS3	445 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLC10A4	Q96EP9	437 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KIF12	Q96FN5	646 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CPB2	Q96IY4	423 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF560	Q96MR9	790 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PWWP2A	Q96N64	755 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RNF157	Q96PX1	679 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TGS1	Q96RS0	853 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SMC6	Q96SB8	1091 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PARK7	Q99497	189 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FAM118B	Q9BPY3	351 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF670	Q9BS34	389 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MAK16	Q9BXY0	300 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ADAMTS10	Q9H324	1103 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ABHD16B	Q9H3Z7	469 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TRABD	Q9H4I3	376 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TUT1	Q9H6E5	874 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZWILCH	Q9H900	591 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	VPS37B	Q9H9H4	285 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLC40A1	Q9NP59	571 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PNPLA8	Q9NP80	782 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CNTN3	Q9P232	1028 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PAK5	Q9P286	719 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	HESX1	Q9UBX0	185 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TJP2	Q9UDY2	1190 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PRKAG3	Q9UGI9	489 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TSPAN16	Q9UKR8	245 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	UBQLN1	Q9UMX0	589 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ARL2BP	Q9Y2Y0	163 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GTF3C5	Q9Y5Q8	519 aa	Predicted RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RALGAPA2	Q2PPJ7	1873 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PLXNA1	Q9UIW2	1896 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NRCAM	Q92823	1304 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CCL15-CCL14	A0A0B4J2E2	113 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MBLAC1	A4D2B0	266 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLC15A5	A6NIM6	579 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472		E5RJQ4	531 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DNM1L	O00429	736 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	APOL1	O14791	398 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TM9SF1	O15321	606 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NPTXR	O95502	500 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	F2	P00734	622 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PFKM	P08237	780 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF286B	P0CG31	522 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ALAD	P13716	330 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ETS1	P14921	441 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CREB1	P16220	341 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PDGFRA	P16234	1089 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SMPD1	P17405	629 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KRT15	P19012	456 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TAC1	P20366	129 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CYP3A5	P20815	502 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SDC4	P31431	198 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	HNRNPH1	P31943	449 aa	Known RBP	6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GBP2	P32456	591 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ADCYAP1R1	P41586	468 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	BCAT1	P54687	386 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CDH6	P55285	790 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GPX6	P59796	221 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DYNLT1	P63172	113 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLC6A3	Q01959	620 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DPYSL3	Q14195	570 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KRT81	Q14533	505 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	LRRC14	Q15048	493 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PDK4	Q16654	411 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CCL15	Q16663	113 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FAM110C	Q1W6H9	321 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SMTNL2	Q2TAL5	461 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GALNTL6	Q49A17	601 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	XKR4	Q5GH76	650 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MARCH8	Q5T0T0	291 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM63B	Q5T3F8	832 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MAP1S	Q66K74	1059 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NUGGC	Q68CJ6	796 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLC9A4	Q6AI14	798 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NOTUM	Q6P988	496 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ADGRD1	Q6QNK2	874 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CYP4V2	Q6ZWL3	525 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GPR142	Q7Z601	462 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PLEKHH3	Q7Z736	793 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PRUNE1	Q86TP1	453 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PSTK	Q8IV42	348 aa	Known RBP	6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CYP4X1	Q8N118	509 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA18	Q8TC71	538 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF398	Q8TD17	642 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MAGEC3	Q8TD91	643 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MGARP	Q8TDB4	240 aa		6.53	□□□□□ -1.36

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