RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 AGGF1Q8N302 714 aaeCLIP8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CXorf38Q8TB03 319 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ZNF296Q8WUU4 475 aaPredicted RBP8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 SDCCAG3Q96C92 435 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 LRRC1Q9BTT6 524 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 NT5C1AQ9BXI3 368 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ADAM22Q9P0K1 906 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 IP6K2Q9UHH9 426 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 GIT1Q9Y2X7 761 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CDY2AQ9Y6F7 541 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 WDR81Q562E7 1941 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 SIP14410 1827 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PDE2AO00408 941 aaPredicted RBP8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 MAP2K7O14733 419 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PEX10O60683 326 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ATF2P15336 505 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CD58P19256 250 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PROZP22891 400 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CCDC15Q0P6D6 951 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PRPSAP1Q14558 356 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 KCNA10Q16322 511 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 SLC44A4Q53GD3 710 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 SCYL2Q6P3W7 929 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 C17orf99Q6UX52 265 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CRELD2Q6UXH1 353 aaPredicted RBP8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PHF13Q86YI8 300 aaPredicted RBP8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CATSPER1Q8NEC5 780 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 COPS5Q92905 334 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CAVIN3Q969G5 261 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ZBTB45Q96K62 511 aaPredicted RBP8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PDGFCQ9NRA1 345 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 WDR3Q9UNX4 943 aaKnown RBP eCLIP8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CNTN6Q9UQ52 1028 aa8□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 DNM1LO00429 736 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PODXLO00592 558 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ESRRBO95718 433 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 TTC4O95801 387 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PAEPP09466 180 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 HSPA1AP0DMV8 641 aaKnown RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 HSPA1BP0DMV9 641 aaKnown RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 COL6A1P12109 1028 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CHRNB2P17787 502 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CENPCQ03188 943 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 SNX1Q13596 522 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 RAB30Q15771 203 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 SWT1Q5T5J6 900 aaKnown RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 TMC7Q7Z402 723 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 RNPC3Q96LT9 517 aaKnown RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ELAC2Q9BQ52 826 aaKnown RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ASNSD1Q9NWL6 643 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ZNF446Q9NWS9 450 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 FAM53CQ9NYF3 392 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 SNX9Q9Y5X1 595 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 TBKBP1A7MCY6 615 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ARVCFO00192 962 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 FGGP02679 453 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 HOXD8P13378 290 aaPredicted RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 EEF1DP29692 281 aaKnown RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ACLYP53396 1101 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 AP2B1P63010 937 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 SMARCB1Q12824 385 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 WDR72Q3MJ13 1102 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 BTBD8Q5XKL5 378 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 LRIG3Q6UXM1 1119 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CCDC149Q6ZUS6 474 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 SYDE1Q6ZW31 735 aaPredicted RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CTAGE3PQ8IX95 158 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 MCOLN2Q8IZK6 566 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ZSWIM2Q8NEG5 633 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PI4K2AQ9BTU6 479 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 USTQ9Y2C2 406 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 SYNJ2BP-COX16A0A087WUM0 186 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ENO4A6NNW6 628 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 MCF2LO15068 1137 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PSTPIP1O43586 416 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PRPSAP2O60256 369 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 B3GAT3O94766 335 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 VTNP04004 478 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 RPL9P32969 192 aaKnown RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 MDH1P40925 334 aaKnown RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 RAD51Q06609 339 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PAN2Q504Q3 1202 aaKnown RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 FBXW10Q5XX13 1052 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 NUGGCQ68CJ6 796 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 TMEM86AQ8N2M4 240 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 EFHBQ8N7U6 833 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ZNF557Q8N988 423 aaPredicted RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CCT6BQ92526 530 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 ZNF516Q92618 1163 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 KAT5Q92993 513 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 GAS2L1Q99501 681 aaPredicted RBP7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 CDT1Q9H211 546 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 EPC1Q9H2F5 836 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 GDF3Q9NR23 364 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 COX16Q9P0S2 106 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PLAAQ9Y263 795 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 C2CD2Q9Y426 696 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 TELO2Q9Y4R8 837 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 PLXNB2O15031 1838 aa7.99□□□□□ -1.13
USP54-210ENST00000466048 TTC36A6NLP5 189 aa7.99□□□□□ -1.13
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.2 ms