RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000576241.1

CCDC40-216, Transcript of coiled-coil domain containing 40, humanhuman

TSL 2

Gene CCDC40, Length 714 nt, Biotype retained intron.

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40-216ENST00000576241 EBF3Q9H4W6 596 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 EXOC3O60645 756 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 PHACTR2O75167 634 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 CLSTN1O94985 981 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 SLFN14P0C7P3 912 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 BDNFP23560 247 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 GNL1P36915 607 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 GRIK1P39086 918 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 PDE6CP51160 858 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 DNM1Q05193 864 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 FAM160A1Q05DH4 1040 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 CUL4BQ13620 913 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 KCNB1Q14721 858 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 MTF1Q14872 753 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 BMT2Q1RMZ1 405 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 WDR72Q3MJ13 1102 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 WDR44Q5JSH3 913 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 TRIM68Q6AZZ1 485 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 C12orf56Q8IXR9 622 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 CPA6Q8N4T0 437 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 SPRYD3Q8NCJ5 442 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 OR6B3Q8NGW1 331 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 MYCBPAPQ8TBZ2 947 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 CRTAC1Q9NQ79 661 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 HPS4Q9NQG7 708 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 EXOC1Q9NV70 894 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 EHD2Q9NZN4 543 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 CHURC1-FNTBB4DL54 471 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 TM4SF5O14894 197 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 TRIM66O15016 1216 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 TACC1O75410 805 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 CST3P01034 146 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 FAM163BP0C2L3 166 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ARSAP15289 507 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 CNR2P34972 360 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 IFNAR2P48551 515 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 FNTBP49356 437 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 PKP1Q13835 747 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 MDH1BQ5I0G3 518 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 HEATR6Q6AI08 1181 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 GRAMD1CQ8IYS0 662 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ATP2A3Q93084 1043 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 SYAP1Q96A49 352 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 PCED1BQ96HM7 432 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 MRPL45Q9BRJ2 306 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 DUS2Q9NX74 493 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 SERTAD1Q9UHV2 236 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 K7ESF4 209 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 TRDMT1O14717 391 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ATG13O75143 517 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ZIC2O95409 532 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 STAU1O95793 577 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 HDCP19113 662 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ATICP31939 592 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 MYL6P60660 151 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 RING1Q06587 406 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 USP4Q13107 963 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 BIRC3Q13489 604 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 SIM2Q14190 667 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ZNF77Q15935 545 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 TMEM196Q5HYL7 178 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 DENND5BQ6ZUT9 1274 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 LONP2Q86WA8 852 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ARL14EPQ8N8R7 260 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 RIN3Q8TB24 985 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 SH3RF2Q8TEC5 729 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 SLC22A12Q96S37 553 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 CYP2S1Q96SQ9 504 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ELOVL4Q9GZR5 314 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 TRPM5Q9NZQ8 1165 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 NXF1Q9UBU9 619 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 RCOR1Q9UKL0 485 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 LHX6Q9UPM6 363 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 NBEAQ8NFP9 2946 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 DSPP15924 2871 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 C2orf78A6NCI8 922 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 OTOL1A6NHN0 477 aaPredicted RBP14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 SRRM3A6NNA2 597 aaPredicted RBP14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 A8MXQ7 604 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 F8VP50 259 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 PFKLP17858 780 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 PTPN1P18031 435 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 DRD1P21728 446 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 HOXA6P31267 233 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 AP3M2P53677 418 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 NR1H3Q13133 447 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 PSMD2Q13200 908 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ZNF699Q32M78 642 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 FSTL4Q6MZW2 842 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 CEP68Q76N32 757 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ARHGAP30Q7Z6I6 1101 aaPredicted RBP14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 OSCP1Q8WVF1 389 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ZNF516Q92618 1163 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 PAGE5Q96GU1 130 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 P2RY13Q9BPV8 354 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ECT2Q9H8V3 914 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 GCNT4Q9P109 453 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 USP25Q9UHP3 1055 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ARHGAP26Q9UNA1 814 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 SLC8A2Q9UPR5 921 aa14.59□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 122.6 ms