RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555995.1

CCDC88C-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88C, Length 689 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-210ENST00000555995 PDZD8Q8NEN9 1154 aa21.92■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 BPIFB1Q8TDL5 484 aa21.92■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 NELL2Q99435 816 aa21.92■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 DUSP9Q99956 384 aaKnown RBP21.92■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 OSBPL6Q9BZF3 934 aa21.92■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 NUP62CLQ9H1M0 184 aa21.92■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 APOBEC3GQ9HC16 384 aaKnown RBP21.92■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 COMMD8Q9NX08 183 aa21.92■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 TICRRQ7Z2Z1 1910 aa21.92■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 COL4A2P08572 1712 aa21.92■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 HELZP42694 1942 aaKnown RBP21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 TRAV19A0A0A6YYK7 116 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 KANSL1LA0AUZ9 987 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 MAN2B1O00754 1011 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 CILPO75339 1184 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 USP17L7P0C7H9 530 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 TBXAS1P24557 533 aaPredicted RBP21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 MLLT6P55198 1093 aaPredicted RBP21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 NUP93Q8N1F7 819 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 TMEM105Q8N8V8 129 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 CSGALNACT1Q8TDX6 532 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 OVCA2Q8WZ82 227 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 DDX23Q9BUQ8 820 aaKnown RBP21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC46A2Q9BY10 475 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 KRT82Q9NSB4 513 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 TDP1Q9NUW8 608 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 RAPGEFL1Q9UHV5 662 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 DACH1Q9UI36 760 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 RWDD2AQ9UIY3 292 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 PATJQ8NI35 1801 aa21.91■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 NCAM2O15394 837 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 GALR2O43603 387 aaPredicted RBP21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 TADA3O75528 432 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 AP1G2O75843 785 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 PRAMEF12O95522 483 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 CD58P19256 250 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 FMO5P49326 533 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 MARSP56192 900 aaKnown RBP21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 CBWD6Q4V339 395 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 CBWD3Q5JTY5 395 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 CBWD5Q5RIA9 395 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 TXNDC8Q6A555 127 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF852Q6ZMS4 543 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 STKLD1Q8NE28 680 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 PJA1Q8NG27 643 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 ELMO3Q96BJ8 720 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM122AQ96E09 287 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 SIT1Q9Y3P8 196 aa21.9■■□□□ 1.1
CCDC88C-210ENST00000555995 CLDN5O00501 218 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 CKMP06732 381 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM200BP0CF97 657 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 PLA2G5P39877 138 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 TPRG1Q6ZUI0 275 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 FUKQ8N0W3 1084 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC2A14Q8TDB8 520 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 SEMA4DQ92854 862 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 HNRNPABQ99729 332 aaKnown RBP21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 TRPC7Q9HCX4 862 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 PNPLA8Q9NP80 782 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 UTP3Q9NQZ2 479 aaKnown RBP eCLIP21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 HMGXB4Q9UGU5 601 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 NCANO14594 1321 aa21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 YWHAQP27348 245 aa21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 STX17P56962 302 aa21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 CC2D1AQ6P1N0 951 aaPredicted RBP21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 CCDC105Q8IYK2 499 aa21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 SRRTQ9BXP5 876 aaKnown RBP21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 FBXO44Q9H4M3 255 aa21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 C8orf33Q9H7E9 229 aaPredicted RBP21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 CSNK1G1Q9HCP0 422 aa21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 HEBP1Q9NRV9 189 aa21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 CISHQ9NSE2 258 aa21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM49BQ9NUQ9 324 aa21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 UTP18Q9Y5J1 556 aaKnown RBP eCLIP21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 MUC6Q6W4X9 2439 aa21.88■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 CCDC130P13994 396 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 TCF3P15923 654 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 CUL2Q13617 745 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 PAQR9Q6ZVX9 377 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 TRIM59Q8IWR1 403 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 USP13Q92995 863 aaPredicted RBP21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 FBXO32Q969P5 355 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 RSPRY1Q96DX4 576 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 CYFIP2Q96F07 1278 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 NT5C1BQ96P26 610 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 LTB4R2Q9NPC1 389 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 LMBRD1Q9NUN5 540 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 PIAS3Q9Y6X2 628 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 MYO16Q9Y6X6 1858 aa21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 ARNTLO00327 626 aa21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC5A3P53794 718 aa21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 CACNA2D1P54289 1103 aa21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 USP46P62068 366 aa21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 TAF10Q12962 218 aa21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 ORC1Q13415 861 aa21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 UBXN2BQ14CS0 331 aa21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 TPD52L1Q16890 204 aaPredicted RBP21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 IER5LQ5T953 404 aa21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 KIAA1958Q8N8K9 716 aa21.86■■□□□ 1.09
CCDC88C-210ENST00000555995 PRSS33Q8NF86 280 aa21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 20.2 ms