RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-215ENST00000484528 SIM2Q14190 667 aaPredicted RBP23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 PDGFRLQ15198 375 aa23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 RSPO4Q2I0M5 234 aaPredicted RBP23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 TMEM196Q5HYL7 178 aa23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 DENND5BQ6ZUT9 1274 aa23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 SYNPOQ8N3V7 929 aa23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 SH3RF2Q8TEC5 729 aa23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 SPATA17Q96L03 361 aa23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 XYLT2Q9H1B5 865 aa23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 FBRSL1Q9HCM7 1045 aaKnown RBP23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 PARD6AQ9NPB6 346 aa23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 TMEM30AQ9NV96 361 aa23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 DUS2Q9NX74 493 aaKnown RBP23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 CGNQ9P2M7 1197 aaKnown RBP23■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 DNAH14Q0VDD8 3507 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 A8MXQ7 604 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 EGFP01133 1207 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 HDCP19113 662 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 PXNP49023 591 aaPredicted RBP22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 SPEM2Q0P670 501 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 GRSF1Q12849 480 aaKnown RBP eCLIP22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 SCARA5Q6ZMJ2 495 aa22.99■■□□□ 1.27
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USP40-215ENST00000484528 LONP2Q86WA8 852 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 CPA6Q8N4T0 437 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 OSCP1Q8WVF1 389 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 ZNF518BQ9C0D4 1074 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 SMYD3Q9H7B4 428 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 POLR3BQ9NW08 1133 aaPredicted RBP22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 MYOFQ9NZM1 2061 aa22.99■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 LRRIQ3A6PVS8 624 aaPredicted RBP22.98■■□□□ 1.27
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USP40-215ENST00000484528 TRIM66O15016 1216 aa22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 RNF40O75150 1001 aa22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 PTPN1P18031 435 aaKnown RBP22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 GJA4P35212 333 aa22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 RAP1GAPP47736 663 aa22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 IFRD2Q12894 506 aaPredicted RBP22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 PUM1Q14671 1186 aaKnown RBP eCLIP22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 KMT5BQ4FZB7 885 aa22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 TDRD10Q5VZ19 366 aaKnown RBP22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 LAIR1Q6GTX8 287 aa22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 SYAP1Q96A49 352 aaPredicted RBP22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 ECT2Q9H8V3 914 aa22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 TRPM5Q9NZQ8 1165 aa22.98■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 TGM1P22735 817 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 GALK1P51570 392 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 CDH8P55286 799 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 ZNF699Q32M78 642 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 EML3Q32P44 896 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 B3GALNT2Q8NCR0 500 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 GOLGA5Q8TBA6 731 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 PARD3BQ8TEW8 1205 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 P2RY13Q9BPV8 354 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 B3GNT5Q9BYG0 378 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 DLL3Q9NYJ7 618 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 ARHGAP26Q9UNA1 814 aa22.97■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 STAU1O95793 577 aaKnown RBP22.96■■□□□ 1.27
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USP40-215ENST00000484528 ATICP31939 592 aa22.96■■□□□ 1.27
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USP40-215ENST00000484528 CEP68Q76N32 757 aa22.96■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 ARHGAP30Q7Z6I6 1101 aaPredicted RBP22.96■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 GPR161Q8N6U8 529 aaKnown RBP22.96■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 ATP2A3Q93084 1043 aa22.96■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 SPATA32Q96LK8 384 aa22.96■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 C8orf48Q96LL4 319 aa22.96■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 TTLL2Q9BWV7 592 aa22.96■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 ELOVL4Q9GZR5 314 aa22.96■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 LINC00597Q9H2U6 94 aa22.96■■□□□ 1.27
USP40-215ENST00000484528 MED19A0JLT2 244 aaPredicted RBP22.95■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 SCAMP3O14828 347 aaKnown RBP22.95■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 NOP14P78316 857 aaKnown RBP22.95■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 DLG4P78352 724 aa22.95■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 ZXDBP98169 803 aa22.95■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 NCOA4Q13772 614 aa22.95■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 ZNF667Q5HYK9 610 aa22.95■■□□□ 1.26
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USP40-215ENST00000484528 KCTD10Q9H3F6 313 aa22.95■■□□□ 1.26
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USP40-215ENST00000484528 SMPD4Q9NXE4 827 aa22.95■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 ZDHHC9Q9Y397 364 aa22.95■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 ZNF840PA6NDX5 716 aa22.94■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 VNN1O95497 513 aa22.94■■□□□ 1.26
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USP40-215ENST00000484528 EZH1Q92800 747 aaPredicted RBP22.94■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 CD101Q93033 1021 aa22.94■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 CEP295NLQ96MC4 621 aa22.94■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 SLC8A2Q9UPR5 921 aa22.94■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 HPSEQ9Y251 543 aa22.94■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 DYNC1LI1Q9Y6G9 523 aaKnown RBP22.94■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 LEFTY2O00292 366 aa22.93■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 C4BPAP04003 597 aaKnown RBP22.93■■□□□ 1.26
USP40-215ENST00000484528 RETP07949 1114 aa22.93■■□□□ 1.26
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