RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	USP46	P62068	366 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF77	Q15935	545 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ITPRIPL2	Q3MIP1	535 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	C1orf220	Q5T0J3	134 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM68	Q6AZZ1	485 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	C1orf228	Q6PIY5	440 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	VSTM1	Q6UX27	236 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	C4orf50	Q6ZRC1	276 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SCN4B	Q8IWT1	228 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MYCBPAP	Q8TBZ2	947 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS31	Q92665	395 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA17	Q96L03	361 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TTLL2	Q9BWV7	592 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	EPC1	Q9H2F5	836 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	GOLPH3L	Q9H4A5	285 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF9	Q9HAQ2	790 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	GKN1	Q9NS71	199 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	EXOC1	Q9NV70	894 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MIA3	Q5JRA6	1907 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	GVINP1	Q7Z2Y8	2422 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	EXOC3	O60645	756 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PRR29	P0C7W0	189 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	AVPR1A	P37288	418 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	DLG4	P78352	724 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT85	P78386	507 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ZXDB	P98169	803 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	DMWD	Q09019	674 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMD2	Q13200	908 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PON2	Q15165	354 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR72	Q3MJ13	1102 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MDH1B	Q5I0G3	518 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	NAIF1	Q69YI7	327 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SPEM1	Q8N4L4	309 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	DCLK2	Q8N568	766 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	RUBCN	Q92622	972 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ELMO3	Q96BJ8	720 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA32	Q96LK8	384 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP295NL	Q96MC4	621 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP2S1	Q96SQ9	504 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MMS19	Q96T76	1030 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM126A	Q9BYI3	521 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SDCBP2	Q9H190	292 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SMYD3	Q9H7B4	428 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGEC2	Q9UBF1	373 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	USP25	Q9UHP3	1055 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAH14	Q0VDD8	3507 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF292	O60281	2723 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464		F8VP50	259 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	PDXK	O00764	312 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	RHOBTB3	O94955	611 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	RPN1	P04843	607 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	MYL1	P05976	194 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	TCF3	P15923	654 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPN1	P18031	435 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	ATIC	P31939	592 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	CCR3	P51677	355 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	TNNC1	P63316	161 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP27A1	Q02318	531 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM160A1	Q05DH4	1040 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	DPYD	Q12882	1025 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	RUNX3	Q13761	415 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC32	Q14392	662 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	MTF1	Q14872	753 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	MAPRE1	Q15691	268 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM196	Q5HYL7	178 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	DGKK	Q5KSL6	1271 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	FSTL4	Q6MZW2	842 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	PKN3	Q6P5Z2	889 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	PAQR9	Q6ZVX9	377 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	GOLGA5	Q8TBA6	731 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	SYAP1	Q96A49	352 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	C8orf48	Q96LL4	319 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	B3GNT5	Q9BYG0	378 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF518B	Q9C0D4	1074 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	EBF3	Q9H4W6	596 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	THG1L	Q9NWX6	298 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	SMG5	Q9UPR3	1016 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAF3IP3	Q9Y228	551 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	R3HCC1	Q9Y3T6	440 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	FANCM	Q8IYD8	2048 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR87	Q6ZQQ6	2873 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR179	Q6PRD1	2367 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PQ27	194 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PQ64	194 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PQD8	194 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	CLDN5	O00501	218 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	TRDMT1	O14717	391 aa	Known RBP	12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	OLFM2	O95897	454 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	NR3C1	P04150	777 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	TGM1	P22735	817 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	SYK	P43405	635 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	CXCL12	P48061	93 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	CDH8	P55286	799 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	NOP14	P78316	857 aa	Known RBP	12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	ZACN	Q401N2	412 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	ZCWPW2	Q504Y3	356 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	DENND5B	Q6ZUT9	1274 aa		12.76	□□□□□ -0.37
PTPRF-211	ENST00000467464	ARL14EP	Q8N8R7	260 aa	Predicted RBP	12.76	□□□□□ -0.37

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