RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	MYH9	P35579	1960 aa	Known RBP	6.58	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472		A0A087WZ62	844 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM120B	A0PK00	339 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CFAP69	A5D8W1	941 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RRN3P2	A6NIE6	340 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CCT8L1P	A6NM43	557 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472		E7ESA3	106 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PI4K2B	G5E9Z4	385 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GOLGA8S	H3BPF8	625 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	APOC4-APOC2	K7ER74	178 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472		M0QYV0	167 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PRPF4	O43172	522 aa	Known RBP eCLIP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DNAJC8	O75937	253 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ENDOD1	O94919	500 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	OAS1	P00973	400 aa	Known RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	APOC2	P02655	101 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ERBB2	P04626	1255 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ITGB3	P05106	788 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KRT19	P08727	400 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KRT10	P13645	584 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	BRAF	P15056	766 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PECAM1	P16284	738 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GPD1	P21695	349 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KDELR1	P24390	212 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SSTR3	P32745	418 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PHB	P35232	272 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RFC1	P35251	1148 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SCNN1A	P37088	669 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GPD2	P43304	727 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLCO1A2	P46721	670 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GCLC	P48506	637 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	VPS41	P49754	854 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF143	P52747	638 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ARL4C	P56559	192 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MYO1E	Q12965	1108 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GPS1	Q13098	491 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TFDP2	Q14188	446 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TRIP13	Q15645	432 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KYNU	Q16719	465 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SKIDA1	Q1XH10	827 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLC10A6	Q3KNW5	377 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	WDR72	Q3MJ13	1102 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF394	Q53GI3	561 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ANKRD20A8P	Q5CZ79	823 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZC3H12A	Q5D1E8	599 aa	Known RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FAM47C	Q5HY64	1035 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RNF187	Q5TA31	235 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CYP4A22	Q5TCH4	519 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KAZN	Q674X7	775 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	JADE1	Q6IE81	842 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MTHFD1L	Q6UB35	978 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	LCLAT1	Q6UWP7	414 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MAMDC4	Q6UXC1	1216 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RGS9BP	Q6ZS82	235 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ANKRD23	Q86SG2	305 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZDHHC17	Q8IUH5	632 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SUGP1	Q8IWZ8	645 aa	Known RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PPIL6	Q8IXY8	311 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	LRRC34	Q8IZ02	419 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	LRRC52	Q8N7C0	313 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GBP7	Q8N8V2	638 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CEP120	Q8N960	986 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ATP11C	Q8NB49	1132 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	JOSD2	Q8TAC2	188 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	UHMK1	Q8TAS1	419 aa	Known RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TRAPPC12	Q8WVT3	735 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DYDC1	Q8WWB3	177 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CCT6B	Q92526	530 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MAML1	Q92585	1016 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PRCC	Q92733	491 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	COPS5	Q92905	334 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GRAMD1A	Q96CP6	724 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	HPDL	Q96IR7	371 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MAGEB18	Q96M61	343 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PRMT1	Q99873	361 aa	Known RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FDXACB1	Q9BRP7	624 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CNPY3	Q9BT09	278 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FRMD8	Q9BZ67	464 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ELOVL4	Q9GZR5	314 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DNAI2	Q9GZS0	605 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KATNBL1	Q9H079	304 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SDCBP2	Q9H190	292 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SMYD3	Q9H7B4	428 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SYNC	Q9H7C4	482 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MINDY3	Q9H8M7	445 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	EFCC1	Q9HA90	598 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RSAD1	Q9HA92	442 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SSU72	Q9NP77	194 aa	Known RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SAYSD1	Q9NPB0	183 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	METTL5	Q9NRN9	209 aa	Known RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CDKN2AIP	Q9NXV6	580 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NXF1	Q9UBU9	619 aa	Known RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FARP1	Q9Y4F1	1045 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CAPN7	Q9Y6W3	813 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1B0GUA9	196 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	EXOC1L	A0A1B0GW35	172 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ANKRD65	E5RJM6	399 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472		H0YHG0	523 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SGK1	O00141	431 aa		6.56	□□□□□ -1.36

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