RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597172.5

TRIM28-208, Transcript of tripartite motif containing 28, human

TSL 2

Gene TRIM28, Length 577 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRIM28-208	ENST00000597172	TRIM65	Q6PJ69	517 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	TMC6	Q7Z403	805 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	NPAS4	Q8IUM7	802 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	SPC24	Q8NBT2	197 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	BEST2	Q8NFU1	509 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	LSM14B	Q9BX40	385 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	TTYH3	Q9C0H2	523 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	XYLT2	Q9H1B5	865 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	GAN	Q9H2C0	597 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	GOLGA2P5	Q9HBQ8	144 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	APOBEC3G	Q9HC16	384 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	PLCB1	Q9NQ66	1216 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	10.13	□□□□□ -0.79	1e-10	■■■■■ 28.7
TRIM28-208	ENST00000597172	GCNT4	Q9P109	453 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	CACNG4	Q9UBN1	327 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	AJAP1	Q9UKB5	411 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	FBXO4	Q9UKT5	387 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	UBQLN1	Q9UMX0	589 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	AGAP1	Q9UPQ3	857 aa		10.13	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	HIDE1	A8MVS5	230 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	LAMTOR5	O43504	91 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	PHACTR2	O75167	634 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	FGF18	O76093	207 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	DDHD2	O94830	711 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	ASS1	P00966	412 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	GYPC	P04921	128 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	LRPAP1	P30533	357 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	POLR2B	P30876	1174 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	RBP5	P82980	135 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	CSTF1	Q05048	431 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	CETN1	Q12798	172 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	LRMP	Q12912	555 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	SGSM1	Q2NKQ1	1148 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	SOWAHC	Q53LP3	525 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	FIGN	Q5HY92	759 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	NOMO2	Q5JPE7	1267 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	RARS2	Q5T160	578 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	SPOUT1	Q5T280	376 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	C9orf57	Q5W0N0	161 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	SPOPL	Q6IQ16	392 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	KIAA1841	Q6NSI8	718 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	GLB1L	Q6UWU2	654 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	CD300LG	Q6UXG3	332 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	OTOP3	Q7RTS5	596 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF280B	Q86YH2	543 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	LURAP1L	Q8IV03	231 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	ARHGEF19	Q8IW93	802 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	ZBTB44	Q8NCP5	570 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	CPLX3	Q8WVH0	158 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	PCMTD1	Q96MG8	357 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	RPS6KC1	Q96S38	1066 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	PPP1R9B	Q96SB3	815 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	PAAF1	Q9BRP4	392 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	NAA15	Q9BXJ9	866 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	AAAS	Q9NRG9	546 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM207A	Q9NSI2	230 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	TBC1D13	Q9NVG8	400 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	ZSCAN32	Q9NX65	697 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	IGSF9	Q9P2J2	1179 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	ITGA11	Q9UKX5	1188 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	LRFN2	Q9ULH4	789 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	INPP5F	Q9Y2H2	1132 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	NUB1	Q9Y5A7	615 aa		10.12	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	TMEM8B	A6NDV4	472 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	XPOT	O43592	962 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	ZC3H11A	O75152	810 aa	Known RBP eCLIP	10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	KRT19	P08727	400 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	GLUL	P15104	373 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	UCHL3	P15374	230 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	ATIC	P31939	592 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	CASP14	P31944	242 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	PIK3CA	P42336	1068 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	CLCNKB	P51801	687 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	POLR2F	P61218	127 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	DSC1	Q08554	894 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	GOLGA8F	Q08AF8	430 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	GOLGA8DP	Q0D2H9	430 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	GRIK3	Q13003	919 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	TRPC3	Q13507	836 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	UPP1	Q16831	310 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	IL31	Q6EBC2	164 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	IQCE	Q6IPM2	695 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	PRR23B	Q6ZRT6	265 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	RRAGA	Q7L523	313 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	DRC7	Q8IY82	874 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	C12orf76	Q8N812	135 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	NEK11	Q8NG66	645 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	BAP1	Q92560	729 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	RABGGTA	Q92696	567 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	KAT5	Q92993	513 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	KREMEN1	Q96MU8	473 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	TCF25	Q9BQ70	676 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	NUP58	Q9BVL2	599 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	VRTN	Q9H8Y1	702 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	UBE2T	Q9NPD8	197 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	NGRN	Q9NPE2	291 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	ENTPD7	Q9NQZ7	604 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	SLC38A7	Q9NVC3	462 aa		10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	SPATA6	Q9NWH7	488 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
TRIM28-208	ENST00000597172	KANSL3	Q9P2N6	904 aa		10.11	□□□□□ -0.79

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