RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	TGM5	O43548	720 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	FANCC	Q00597	558 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	WSCD1	Q658N2	575 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	TRIM65	Q6PJ69	517 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SUGP1	Q8IWZ8	645 aa	Known RBP	27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	ADGRF2	Q8IZF7	708 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	PDCL2	Q8N4E4	241 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	LNX1	Q8TBB1	728 aa	Predicted RBP	27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	PRRX2	Q99811	253 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	BCO2	Q9BYV7	579 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	DNAI2	Q9GZS0	605 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	APOBEC3G	Q9HC16	384 aa	Known RBP	27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	MTRR	Q9UBK8	725 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	NR2E1	Q9Y466	385 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379		A0A1B0GTH6	734 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	OR6C75	A6NL08	312 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	C1R	P00736	705 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	TPM3	P06753	285 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	WARS	P23381	471 aa	Known RBP	27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	YWHAE	P62258	255 aa	Known RBP	27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	UBXN1	Q04323	297 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	PSMD5	Q16401	504 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	SPOPL	Q6IQ16	392 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	FBXL6	Q8N531	539 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	ZNF707	Q96C28	371 aa	Predicted RBP	27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	CRACR2A	Q9BSW2	395 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	DAAM1	Q9Y4D1	1078 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	GABRD	O14764	452 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	PON1	P27169	355 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	ASPA	P45381	313 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	GCNT1	Q02742	428 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	ENOSF1	Q7L5Y1	443 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	TDRD5	Q8NAT2	981 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	KREMEN2	Q8NCW0	462 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	JAKMIP2	Q96AA8	810 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	ERGIC2	Q96RQ1	377 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	SNX25	Q9H3E2	840 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	LIMD1	Q9UGP4	676 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	POLI	Q9UNA4	740 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	TIMM13	Q9Y5L4	95 aa	Predicted RBP	27.69	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	CCDC195	A0A1B0GUA6	201 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	RFX1	P22670	979 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	PCSK1	P29120	753 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	UBASH3A	P57075	661 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	CUL2	Q13617	745 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	CTXN3	Q4LDR2	81 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	LILRA6	Q6PI73	481 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	GAS2L3	Q86XJ1	694 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	ASIC4	Q96FT7	647 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	CLSTN3	Q9BQT9	956 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	ACBD6	Q9BR61	282 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	RBSN	Q9H1K0	784 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	DOCK6	Q96HP0	2047 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	CBFA2T2	O43439	604 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	TBC1D4	O60343	1298 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	LRRN2	O75325	713 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	PDGFB	P01127	241 aa	Predicted RBP	27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	TRIM21	P19474	475 aa	Known RBP	27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	SLC9A1	P19634	815 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	UVSSA	Q2YD98	709 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	IER5L	Q5T953	404 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	SLC8B1	Q6J4K2	584 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	UNC93A	Q86WB7	457 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	CMAS	Q8NFW8	434 aa	Predicted RBP	27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	KBTBD7	Q8WVZ9	684 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	TATDN2	Q93075	761 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	SMYD3	Q9H7B4	428 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	PLCB1	Q9NQ66	1216 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	APEX2	Q9UBZ4	518 aa		27.67	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379		A0A1W2PQC6	194 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	MFAP3	P55082	362 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	KCNMA1	Q12791	1236 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	NR1I3	Q14994	352 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	RSPO2	Q6UXX9	243 aa	Predicted RBP	27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	CCDC149	Q6ZUS6	474 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	PPM1K	Q8N3J5	372 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	PRSS33	Q8NF86	280 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	OR6B3	Q8NGW1	331 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	DDX43	Q9NXZ2	648 aa	Known RBP	27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	FBXL5	Q9UKA1	691 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	MTCL1	Q9Y4B5	1905 aa	Known RBP	27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	PTPN5	P54829	565 aa		27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	INCA1	Q0VD86	236 aa		27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	SMARCB1	Q12824	385 aa		27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	LRMP	Q12912	555 aa		27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	SCARA5	Q6ZMJ2	495 aa		27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	ZDHHC14	Q8IZN3	488 aa		27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	SMG7	Q92540	1137 aa	Known RBP	27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	MRPL45	Q9BRJ2	306 aa	Known RBP	27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	CDH9	Q9ULB4	789 aa		27.65	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	TSPY1	Q01534	308 aa		27.64	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	PHLDB3	Q6NSJ2	640 aa		27.64	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	DCP1B	Q8IZD4	617 aa	Known RBP	27.64	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	NAP1L5	Q96NT1	182 aa	Predicted RBP	27.64	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	MAFF	Q9ULX9	164 aa		27.64	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	SIK3	Q9Y2K2	1263 aa		27.64	■■■□□ 2.02
NME3-208	ENST00000565379	CDH8	P55286	799 aa		27.63	■■■□□ 2.01

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