RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	NKD2	Q969F2	451 aa	Predicted RBP	12.89	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SEPT5	Q99719	369 aa	Predicted RBP	12.89	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR88	Q9GZN0	384 aa		12.89	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	INTS13	Q9NVM9	706 aa		12.89	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	HSPBP1	Q9NZL4	362 aa		12.89	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464		R4GN57	208 aa		12.89	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFHX2	Q9C0A1	2572 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GABRD	O14764	452 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA0391	O15091	583 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	POLR2D	O15514	142 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	PRAMEF12	O95522	483 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GABRR2	P28476	465 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	WEE1	P30291	646 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GDI1	P31150	447 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS9	P46781	194 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	TUFM	P49411	452 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR15	P49685	360 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP4F8	P98187	520 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SMARCB1	Q12824	385 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	MGAT5B	Q3V5L5	792 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR44	Q5JSH3	913 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	UNC13D	Q70J99	1090 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ARID3B	Q8IVW6	561 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	THEM5	Q8N1Q8	247 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CSGALNACT2	Q8N6G5	542 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	STKLD1	Q8NE28	680 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SCFD1	Q8WVM8	642 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	IRF7	Q92985	503 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC27	Q9C0I9	530 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SLITRK6	Q9H5Y7	841 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	BRD9	Q9H8M2	597 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGEF1	Q9HAY2	307 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	AGPAT3	Q9NRZ7	376 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ABI2	Q9NYB9	513 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	RCOR1	Q9UKL0	485 aa		12.88	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ACTN4	O43707	911 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	TADA3	O75528	432 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	FGF19	O95750	216 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	PDIA4	P13667	645 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ACAT1	P24752	427 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGEA9	P43362	315 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	RBP5	P82980	135 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	AMPD3	Q01432	767 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	BFSP1	Q12934	665 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CUL4B	Q13620	913 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	BMT2	Q1RMZ1	405 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SOWAHA	Q2M3V2	549 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	INTS6L	Q5JSJ4	861 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR158	Q5T848	1215 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ATL3	Q6DD88	541 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF852	Q6ZMS4	543 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	STXBP4	Q6ZWJ1	553 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ITIH5	Q86UX2	942 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GRAMD1C	Q8IYS0	662 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	DCP1B	Q8IZD4	617 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA18	Q8TC71	538 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GIPC2	Q8TF65	315 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CACTIN	Q8WUQ7	758 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	KBTBD7	Q8WVZ9	684 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	NELL1	Q92832	810 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CHAMP1	Q96JM3	812 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ACBD6	Q9BR61	282 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	BCO2	Q9BYV7	579 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	BLZF1	Q9H2G9	400 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ATXN3L	Q9H3M9	355 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX43	Q9NXZ2	648 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ZDHHC9	Q9Y397	364 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHB5	Q9Y5E4	795 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE4B	O95155	1302 aa		12.87	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SCN1A	P35498	2009 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF233	A6NK53	670 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CHAD	O15335	359 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	KLRC4	O43908	158 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	HUS1	O60921	280 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	F11	P03951	625 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM191B	P0C7N4	346 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	TDGF1	P13385	188 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ME1	P48163	572 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF528	Q3MIS6	628 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GPIHBP1	Q8IV16	184 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR49	Q8IV35	697 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	NELFCD	Q8IXH7	590 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ADGRF2	Q8IZF7	708 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM86A	Q8N2M4	240 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	TOP6BL	Q8N6T0	577 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	RIN3	Q8TB24	985 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEKHO2	Q8TD55	490 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	NOC3L	Q8WTT2	800 aa	Known RBP	12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	E2F7	Q96AV8	911 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	NELL2	Q99435	816 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC46A2	Q9BY10	475 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	TASP1	Q9H6P5	420 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ABCB6	Q9NP58	842 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	PRMT8	Q9NR22	394 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA6	Q9NWH7	488 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	OBP2A	Q9NY56	170 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO4	Q9UKT5	387 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	NME7	Q9Y5B8	376 aa		12.86	□□□□□ -0.35

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 34 ms