RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000527680.1

TRAPPC4-208, Transcript of trafficking protein particle complex 4, human

TSL 2

Gene TRAPPC4, Length 569 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAPPC4-208	ENST00000527680	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	34.17	■■■■□ 3.06
TRAPPC4-208	ENST00000527680	TMEM94	Q12767	1356 aa		34.16	■■■■□ 3.06
TRAPPC4-208	ENST00000527680	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	34.15	■■■■□ 3.06
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NUP155	O75694	1391 aa		34.15	■■■■□ 3.06
TRAPPC4-208	ENST00000527680	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	34.15	■■■■□ 3.06
TRAPPC4-208	ENST00000527680	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		34.15	■■■■□ 3.06
TRAPPC4-208	ENST00000527680	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	34.14	■■■■□ 3.06
TRAPPC4-208	ENST00000527680	UNC13B	O14795	1591 aa		34.14	■■■■□ 3.06
TRAPPC4-208	ENST00000527680	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		34.12	■■■■□ 3.05
TRAPPC4-208	ENST00000527680	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		34.11	■■■■□ 3.05
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	34.1	■■■■□ 3.05
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	34.09	■■■■□ 3.05
TRAPPC4-208	ENST00000527680		E9PCH4	1651 aa		34.07	■■■■□ 3.04
TRAPPC4-208	ENST00000527680	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		34.07	■■■■□ 3.04
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ZFYVE9	O95405	1425 aa		34.06	■■■■□ 3.04
TRAPPC4-208	ENST00000527680	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		34.06	■■■■□ 3.04
TRAPPC4-208	ENST00000527680	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		34.04	■■■■□ 3.04
TRAPPC4-208	ENST00000527680	TBX22	Q9Y458	520 aa		34.02	■■■■□ 3.04
TRAPPC4-208	ENST00000527680	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		34.01	■■■■□ 3.03
TRAPPC4-208	ENST00000527680	MSH6	P52701	1360 aa		33.99	■■■■□ 3.03
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	33.99	■■■■□ 3.03
TRAPPC4-208	ENST00000527680	C14orf37	Q86TY3	774 aa		33.96	■■■■□ 3.03
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NWD1	Q149M9	1564 aa		33.94	■■■■□ 3.02
TRAPPC4-208	ENST00000527680	CHD2	O14647	1828 aa	Known RBP	33.93	■■■■□ 3.02
TRAPPC4-208	ENST00000527680	SLAIN2	Q9P270	581 aa		33.93	■■■■□ 3.02
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	33.9	■■■■□ 3.02
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		33.87	■■■■□ 3.01
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		33.86	■■■■□ 3.01
TRAPPC4-208	ENST00000527680	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	33.83	■■■■□ 3.01
TRAPPC4-208	ENST00000527680	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		33.82	■■■■□ 3
TRAPPC4-208	ENST00000527680	PIK3R4	Q99570	1358 aa		33.82	■■■■□ 3
TRAPPC4-208	ENST00000527680	TRIM52	Q96A61	297 aa		33.81	■■■■□ 3
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ATF3	P18847	181 aa		33.79	■■■■□ 3
TRAPPC4-208	ENST00000527680	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		33.79	■■■■□ 3
TRAPPC4-208	ENST00000527680	DIP2A	Q14689	1571 aa		33.79	■■■■□ 3
TRAPPC4-208	ENST00000527680	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		33.79	■■■■□ 3
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		33.79	■■■■□ 3
TRAPPC4-208	ENST00000527680	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		33.77	■■■■□ 3
TRAPPC4-208	ENST00000527680	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	33.75	■■■□□ 2.99
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NAIP	Q13075	1403 aa		33.75	■■■□□ 2.99
TRAPPC4-208	ENST00000527680	TRPM2	O94759	1503 aa		33.74	■■■□□ 2.99
TRAPPC4-208	ENST00000527680	PHLPP1	O60346	1717 aa		33.7	■■■□□ 2.98
TRAPPC4-208	ENST00000527680	PTPRU	Q92729	1446 aa		33.69	■■■□□ 2.98
TRAPPC4-208	ENST00000527680	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	33.66	■■■□□ 2.98
TRAPPC4-208	ENST00000527680	JCAD	Q9P266	1359 aa		33.65	■■■□□ 2.98
TRAPPC4-208	ENST00000527680	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	33.65	■■■□□ 2.98
TRAPPC4-208	ENST00000527680	CLTCL1	P53675	1640 aa		33.63	■■■□□ 2.97
TRAPPC4-208	ENST00000527680	MET	P08581	1390 aa		33.61	■■■□□ 2.97
TRAPPC4-208	ENST00000527680	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		33.61	■■■□□ 2.97
TRAPPC4-208	ENST00000527680	KIF1B	O60333	1816 aa		33.61	■■■□□ 2.97
TRAPPC4-208	ENST00000527680	POTEA	Q6S8J7	498 aa		33.6	■■■□□ 2.97
TRAPPC4-208	ENST00000527680	HFM1	A2PYH4	1435 aa		33.6	■■■□□ 2.97
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		33.59	■■■□□ 2.97
TRAPPC4-208	ENST00000527680	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	33.58	■■■□□ 2.97
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		33.54	■■■□□ 2.96
TRAPPC4-208	ENST00000527680	BRINP3	Q76B58	766 aa		33.54	■■■□□ 2.96
TRAPPC4-208	ENST00000527680	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	33.53	■■■□□ 2.96
TRAPPC4-208	ENST00000527680	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	33.52	■■■□□ 2.96
TRAPPC4-208	ENST00000527680	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	33.51	■■■□□ 2.96
TRAPPC4-208	ENST00000527680	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		33.5	■■■□□ 2.95
TRAPPC4-208	ENST00000527680	DCC	P43146	1447 aa		33.49	■■■□□ 2.95
TRAPPC4-208	ENST00000527680	FOXD1	Q16676	465 aa		33.49	■■■□□ 2.95
TRAPPC4-208	ENST00000527680	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		33.49	■■■□□ 2.95
TRAPPC4-208	ENST00000527680	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	33.46	■■■□□ 2.95
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	33.43	■■■□□ 2.94
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	33.43	■■■□□ 2.94
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	33.43	■■■□□ 2.94
TRAPPC4-208	ENST00000527680	MST1R	Q04912	1400 aa		33.41	■■■□□ 2.94
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		33.4	■■■□□ 2.94
TRAPPC4-208	ENST00000527680	RGL3	Q3MIN7	710 aa		33.38	■■■□□ 2.93
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		33.38	■■■□□ 2.93
TRAPPC4-208	ENST00000527680	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	33.37	■■■□□ 2.93
TRAPPC4-208	ENST00000527680	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		33.37	■■■□□ 2.93
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	33.36	■■■□□ 2.93
TRAPPC4-208	ENST00000527680	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	33.36	■■■□□ 2.93
TRAPPC4-208	ENST00000527680	LRP6	O75581	1613 aa		33.35	■■■□□ 2.93
TRAPPC4-208	ENST00000527680	SHPRH	Q149N8	1683 aa		33.34	■■■□□ 2.93
TRAPPC4-208	ENST00000527680	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		33.33	■■■□□ 2.93
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		33.32	■■■□□ 2.92
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		33.31	■■■□□ 2.92
TRAPPC4-208	ENST00000527680	PPL	O60437	1756 aa		33.3	■■■□□ 2.92
TRAPPC4-208	ENST00000527680	PTCH1	Q13635	1447 aa		33.28	■■■□□ 2.92
TRAPPC4-208	ENST00000527680	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		33.28	■■■□□ 2.92
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		33.27	■■■□□ 2.92
TRAPPC4-208	ENST00000527680	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		33.26	■■■□□ 2.92
TRAPPC4-208	ENST00000527680	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	33.26	■■■□□ 2.92
TRAPPC4-208	ENST00000527680	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		33.25	■■■□□ 2.91
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ORAI2	Q96SN7	254 aa		33.25	■■■□□ 2.91
TRAPPC4-208	ENST00000527680	STK26	Q9P289	416 aa		33.25	■■■□□ 2.91
TRAPPC4-208	ENST00000527680	RXRB	P28702	533 aa		33.21	■■■□□ 2.91
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	33.21	■■■□□ 2.91
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		33.2	■■■□□ 2.9
TRAPPC4-208	ENST00000527680	C8orf37	Q96NL8	207 aa		33.19	■■■□□ 2.9
TRAPPC4-208	ENST00000527680	AFF2	P51816	1311 aa		33.19	■■■□□ 2.9
TRAPPC4-208	ENST00000527680	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		33.17	■■■□□ 2.9
TRAPPC4-208	ENST00000527680	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		33.17	■■■□□ 2.9
TRAPPC4-208	ENST00000527680	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		33.16	■■■□□ 2.9
TRAPPC4-208	ENST00000527680	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		33.15	■■■□□ 2.9
TRAPPC4-208	ENST00000527680	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		33.15	■■■□□ 2.9
TRAPPC4-208	ENST00000527680	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		33.14	■■■□□ 2.9

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 34.5 ms