RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LIMCH1-211	ENST00000509638	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		43.12	■■■■■ 4.49
LIMCH1-211	ENST00000509638	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	43.08	■■■■■ 4.49
LIMCH1-211	ENST00000509638	RGL3	Q3MIN7	710 aa		43.07	■■■■■ 4.49
LIMCH1-211	ENST00000509638	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		43.06	■■■■■ 4.48
LIMCH1-211	ENST00000509638	NEUROD1	Q13562	356 aa		43.03	■■■■■ 4.48
LIMCH1-211	ENST00000509638	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		43.01	■■■■■ 4.48
LIMCH1-211	ENST00000509638	EID1	Q9Y6B2	187 aa		43	■■■■■ 4.47
LIMCH1-211	ENST00000509638	LTK	P29376	864 aa		42.99	■■■■■ 4.47
LIMCH1-211	ENST00000509638	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		42.99	■■■■■ 4.47
LIMCH1-211	ENST00000509638	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		42.98	■■■■■ 4.47
LIMCH1-211	ENST00000509638	IQGAP1	P46940	1657 aa		42.97	■■■■■ 4.47
LIMCH1-211	ENST00000509638	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	42.97	■■■■■ 4.47
LIMCH1-211	ENST00000509638	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		42.97	■■■■■ 4.47
LIMCH1-211	ENST00000509638	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	42.95	■■■■■ 4.47
LIMCH1-211	ENST00000509638	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	42.95	■■■■■ 4.47
LIMCH1-211	ENST00000509638	MED14	O60244	1454 aa		42.94	■■■■■ 4.46
LIMCH1-211	ENST00000509638	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	42.92	■■■■■ 4.46
LIMCH1-211	ENST00000509638	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	42.9	■■■■■ 4.46
LIMCH1-211	ENST00000509638	MYOM2	P54296	1465 aa		42.9	■■■■■ 4.46
LIMCH1-211	ENST00000509638	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		42.88	■■■■■ 4.45
LIMCH1-211	ENST00000509638	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		42.85	■■■■■ 4.45
LIMCH1-211	ENST00000509638	TONSL	Q96HA7	1378 aa		42.85	■■■■■ 4.45
LIMCH1-211	ENST00000509638	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		42.83	■■■■■ 4.45
LIMCH1-211	ENST00000509638	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	42.82	■■■■■ 4.45
LIMCH1-211	ENST00000509638	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		42.82	■■■■■ 4.44
LIMCH1-211	ENST00000509638	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	42.82	■■■■■ 4.44
LIMCH1-211	ENST00000509638	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		42.79	■■■■■ 4.44
LIMCH1-211	ENST00000509638	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		42.79	■■■■■ 4.44
LIMCH1-211	ENST00000509638	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		42.78	■■■■■ 4.44
LIMCH1-211	ENST00000509638	PIK3C2G	O75747	1445 aa		42.76	■■■■■ 4.44
LIMCH1-211	ENST00000509638	BCAN	Q96GW7	911 aa		42.75	■■■■■ 4.43
LIMCH1-211	ENST00000509638	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		42.75	■■■■■ 4.43
LIMCH1-211	ENST00000509638	DIP2A	Q14689	1571 aa		42.75	■■■■■ 4.43
LIMCH1-211	ENST00000509638	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	42.72	■■■■■ 4.43
LIMCH1-211	ENST00000509638	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		42.72	■■■■■ 4.43
LIMCH1-211	ENST00000509638	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		42.72	■■■■■ 4.43
LIMCH1-211	ENST00000509638	STAC3	Q96MF2	364 aa		42.69	■■■■■ 4.42
LIMCH1-211	ENST00000509638	LAMC1	P11047	1609 aa		42.68	■■■■■ 4.42
LIMCH1-211	ENST00000509638	ALK	Q9UM73	1620 aa		42.67	■■■■■ 4.42
LIMCH1-211	ENST00000509638	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		42.66	■■■■■ 4.42
LIMCH1-211	ENST00000509638	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		42.65	■■■■■ 4.42
LIMCH1-211	ENST00000509638	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		42.56	■■■■■ 4.4
LIMCH1-211	ENST00000509638	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		42.56	■■■■■ 4.4
LIMCH1-211	ENST00000509638	TBX22	Q9Y458	520 aa		42.55	■■■■■ 4.4
LIMCH1-211	ENST00000509638	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		42.54	■■■■■ 4.4
LIMCH1-211	ENST00000509638	CHD2	O14647	1828 aa	Known RBP	42.52	■■■■■ 4.4
LIMCH1-211	ENST00000509638	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		42.52	■■■■■ 4.4
LIMCH1-211	ENST00000509638	MET	P08581	1390 aa		42.51	■■■■■ 4.4
LIMCH1-211	ENST00000509638	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		42.5	■■■■■ 4.39
LIMCH1-211	ENST00000509638	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		42.49	■■■■■ 4.39
LIMCH1-211	ENST00000509638	NWD1	Q149M9	1564 aa		42.49	■■■■■ 4.39
LIMCH1-211	ENST00000509638	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	42.48	■■■■■ 4.39
LIMCH1-211	ENST00000509638	PIK3R4	Q99570	1358 aa		42.46	■■■■■ 4.39
LIMCH1-211	ENST00000509638	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	42.46	■■■■■ 4.39
LIMCH1-211	ENST00000509638	ADGRB1	O14514	1584 aa		42.45	■■■■■ 4.39
LIMCH1-211	ENST00000509638	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	42.45	■■■■■ 4.39
LIMCH1-211	ENST00000509638	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		42.43	■■■■■ 4.38
LIMCH1-211	ENST00000509638	PTPRU	Q92729	1446 aa		42.42	■■■■■ 4.38
LIMCH1-211	ENST00000509638	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		42.37	■■■■■ 4.37
LIMCH1-211	ENST00000509638	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		42.37	■■■■■ 4.37
LIMCH1-211	ENST00000509638	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		42.37	■■■■■ 4.37
LIMCH1-211	ENST00000509638	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	42.35	■■■■■ 4.37
LIMCH1-211	ENST00000509638	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		42.34	■■■■■ 4.37
LIMCH1-211	ENST00000509638	KCNA6	P17658	529 aa		42.33	■■■■■ 4.37
LIMCH1-211	ENST00000509638	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	42.33	■■■■■ 4.37
LIMCH1-211	ENST00000509638	CPS1	P31327	1500 aa		42.31	■■■■■ 4.36
LIMCH1-211	ENST00000509638	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	42.3	■■■■■ 4.36
LIMCH1-211	ENST00000509638	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	42.3	■■■■■ 4.36
LIMCH1-211	ENST00000509638	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		42.3	■■■■■ 4.36
LIMCH1-211	ENST00000509638	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		42.3	■■■■■ 4.36
LIMCH1-211	ENST00000509638	TECPR2	O15040	1411 aa		42.26	■■■■■ 4.36
LIMCH1-211	ENST00000509638	PTCH1	Q13635	1447 aa		42.26	■■■■■ 4.36
LIMCH1-211	ENST00000509638	STK26	Q9P289	416 aa		42.24	■■■■■ 4.35
LIMCH1-211	ENST00000509638	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	42.23	■■■■■ 4.35
LIMCH1-211	ENST00000509638	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		42.22	■■■■■ 4.35
LIMCH1-211	ENST00000509638	ABCC11	Q96J66	1382 aa		42.21	■■■■■ 4.35
LIMCH1-211	ENST00000509638	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	42.2	■■■■■ 4.35
LIMCH1-211	ENST00000509638	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		42.19	■■■■■ 4.35
LIMCH1-211	ENST00000509638	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		42.19	■■■■■ 4.34
LIMCH1-211	ENST00000509638	DLC1	Q96QB1	1528 aa		42.19	■■■■■ 4.34
LIMCH1-211	ENST00000509638	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		42.14	■■■■■ 4.34
LIMCH1-211	ENST00000509638	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	42.11	■■■■■ 4.33
LIMCH1-211	ENST00000509638	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		42.11	■■■■■ 4.33
LIMCH1-211	ENST00000509638	TMEM94	Q12767	1356 aa		42.1	■■■■■ 4.33
LIMCH1-211	ENST00000509638	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		42.1	■■■■■ 4.33
LIMCH1-211	ENST00000509638	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		42.08	■■■■■ 4.33
LIMCH1-211	ENST00000509638	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	42.08	■■■■■ 4.33
LIMCH1-211	ENST00000509638	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		42.05	■■■■■ 4.32
LIMCH1-211	ENST00000509638	PRAM1	Q96QH2	718 aa		42.02	■■■■■ 4.32
LIMCH1-211	ENST00000509638	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		42.01	■■■■■ 4.32
LIMCH1-211	ENST00000509638	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		42.01	■■■■■ 4.32
LIMCH1-211	ENST00000509638	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	42.01	■■■■■ 4.32
LIMCH1-211	ENST00000509638	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	42	■■■■■ 4.31
LIMCH1-211	ENST00000509638	SIRT1	Q96EB6	747 aa		41.99	■■■■■ 4.31
LIMCH1-211	ENST00000509638	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		41.98	■■■■■ 4.31
LIMCH1-211	ENST00000509638	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		41.97	■■■■■ 4.31
LIMCH1-211	ENST00000509638	POGK	Q9P215	609 aa		41.97	■■■■■ 4.31
LIMCH1-211	ENST00000509638	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	41.95	■■■■■ 4.31
LIMCH1-211	ENST00000509638	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	41.95	■■■■■ 4.31
LIMCH1-211	ENST00000509638	C14orf37	Q86TY3	774 aa		41.95	■■■■■ 4.31

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