RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000268049.11

USP3-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene USP3, Length 5,311 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3-201ENST00000268049 LMOD3Q0VAK6 560 aa9.9□□□□□ -0.82
USP3-201ENST00000268049 HSP90AA2PQ14568 343 aaPredicted RBP9.9□□□□□ -0.82
USP3-201ENST00000268049 CEP170Q5SW79 1584 aa9.9□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 ABCC2Q92887 1545 aa9.9□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 FTSJ3Q8IY81 847 aaKnown RBP9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 LTV1Q96GA3 475 aaPredicted RBP9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 RSPH6AQ9H0K4 717 aa9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 SLC52A1Q9NWF4 448 aa9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 PAXIP1Q6ZW49 1069 aaPredicted RBP9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 MRS2Q9HD23 443 aa9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 KIAA0556O60303 1618 aa9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 CCDC141Q6ZP82 1450 aa9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 STK31Q9BXU1 1019 aa9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 KCNJ4P48050 445 aa9.89□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 COG3Q96JB2 828 aa9.88□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 MSNP26038 577 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 CHMP3Q9Y3E7 222 aa9.87□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 STAC3Q96MF2 364 aa9.87□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 FBXW7Q969H0 707 aa9.87□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 PKNOX2Q96KN3 472 aa9.87□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 PODXL2Q9NZ53 605 aa9.86□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa9.86□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 PLCH2O75038 1416 aa9.86□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 DAPK1P53355 1430 aa9.86□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 ESCO1Q5FWF5 840 aa9.86□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 CHAF1AQ13111 956 aaPredicted RBP9.86□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 CNKSR2Q8WXI2 1034 aa9.86□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 PPP4R2Q9NY27 417 aa9.86□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 LRPPRCP42704 1394 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 WWC1Q8IX03 1113 aa9.85□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 SMC4Q9NTJ3 1288 aa9.85□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 POLD1P28340 1107 aa9.84□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 TEFQ10587 303 aa9.84□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa9.84□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP9.84□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP9.84□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 CFAP44Q96MT7 982 aa9.84□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 TCEAL9Q9UHQ7 104 aa9.84□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 NLRP2Q9NX02 1062 aa9.84□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP9.84□□□□□ -0.83
USP3-201ENST00000268049 EVC2Q86UK5 1308 aa9.83□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP9.83□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa9.83□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 STRN4Q9NRL3 753 aa9.83□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 ARID3AQ99856 593 aa9.82□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 DISP1Q96F81 1524 aa9.82□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 A0A0U1RQG5 324 aaPredicted RBP9.81□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 GPATCH3Q96I76 525 aa9.81□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP9.81□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP9.81□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP9.81□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 VPS37DQ86XT2 251 aa9.81□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 BEGAINQ9BUH8 593 aa9.8□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 PRDM11Q9NQV5 511 aa9.8□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 SLC26A8Q96RN1 970 aa9.8□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 CHD1O14646 1710 aa9.8□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 MAP3K1Q13233 1512 aa9.8□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa9.79□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP9.79□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP9.79□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 NEUROD2Q15784 382 aa9.79□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 HFM1A2PYH4 1435 aa9.79□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 NEXNQ0ZGT2 675 aa9.79□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP9.79□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 TOM1L2Q6ZVM7 507 aa9.79□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 NAP1L2Q9ULW6 460 aaPredicted RBP9.79□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 ROCK1Q13464 1354 aa9.78□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 LRRFIP1Q32MZ4 808 aaKnown RBP9.78□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 BCL11BQ9C0K0 894 aaPredicted RBP9.78□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP9.78□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 TMEM132EQ6IEE7 984 aa9.78□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 MSH6P52701 1360 aa9.78□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP9.78□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 ABCC5O15440 1437 aa9.77□□□□□ -0.84
USP3-201ENST00000268049 LMTK3Q96Q04 1460 aa9.77□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 NLRP13Q86W25 1043 aa9.77□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 USP35Q9P2H5 1018 aa9.77□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 RPGRIP1LQ68CZ1 1315 aa9.76□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 ST20-MTHFSA0A0A6YYL1 179 aa9.76□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 TATP17735 454 aaPredicted RBP9.76□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 CENPJQ9HC77 1338 aaPredicted RBP9.76□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 IPO8O15397 1037 aaKnown RBP9.76□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 DDX58O95786 925 aaKnown RBP9.76□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 PLCB2Q00722 1185 aa9.76□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 VPS53Q5VIR6 699 aa9.75□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 PTPN23Q9H3S7 1636 aa9.75□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 PTMSP20962 102 aa9.75□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 CADPS2Q86UW7 1296 aa9.75□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 ABCC10Q5T3U5 1492 aa9.75□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 CFAP70Q5T0N1 1121 aa9.75□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa9.75□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 GNL2Q13823 731 aaKnown RBP9.75□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 A2MP01023 1474 aa9.74□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 MARCH6O60337 910 aa9.74□□□□□ -0.85
USP3-201ENST00000268049 HSP90AB1P08238 724 aaKnown RBP9.74□□□□□ -0.85
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 171.7 ms