RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000328333.12

COL7A1-201, Transcript of collagen type VII alpha 1 chain, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene COL7A1, Length 9,276 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1-201ENST00000328333 R3HDM1Q15032 1099 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 TSC22D1Q15714 1073 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 KRT24Q2M2I5 525 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 TIMM50Q3ZCQ8 353 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 FAM160B2Q86V87 743 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 FMR1NBQ8N0W7 255 aaPredicted RBP14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 NUP93Q8N1F7 819 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ESYT3A0FGR9 886 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 EIF2B2P49770 351 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 NAT9Q9BTE0 207 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 STK33Q9BYT3 514 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 DKK3Q9UBP4 350 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SNRPAP09012 282 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CNTFP26441 200 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 RGS2P41220 211 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SCTRP47872 440 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 TBL3Q12788 808 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 COG2Q14746 738 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ARL8AQ96BM9 186 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 RXFP1Q9HBX9 757 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 RSL24D1Q9UHA3 163 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 DTNAQ9Y4J8 743 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ATXN2Q99700 1313 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 AREL1O15033 823 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CD58P19256 250 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 UBE3AQ05086 875 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SNX17Q15036 470 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CDO1Q16878 200 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PPP4R4Q6NUP7 873 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 FLAD1Q8NFF5 587 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ISCUQ9H1K1 167 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 MEI1Q5TIA1 1274 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CMTR1Q8N1G2 835 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 MYO1GB0I1T2 1018 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 M0R2C6 588 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CLIC2O15247 247 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CAND2O75155 1236 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PIK3R1P27986 724 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 RAD51Q06609 339 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 MAPRE1Q15691 268 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SCUBE1Q8IWY4 988 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 MICALL2Q8IY33 904 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CASS4Q9NQ75 786 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 DGKHQ86XP1 1220 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 OR6P1Q8NGX9 317 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CHAMP1Q96JM3 812 aa14.94□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 MYH14Q7Z406 1995 aaKnown RBP14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SPDYE5A6NIY4 337 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 RGS20O76081 388 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 TKTP29401 623 aaKnown RBP14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SPDYE7PQ495Y7 208 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ZNF544Q6NX49 715 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 C17orf80Q9BSJ5 609 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 TLR2O60603 784 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CBFA2T3O75081 653 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PTK7Q13308 1070 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 NEK10Q6ZWH5 1172 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 GRAMD1CQ8IYS0 662 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 RBBP8NLQ8NC74 664 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 C2orf40Q9H1Z8 148 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 NNMTP40261 264 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 RGS4P49798 205 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SCFD2Q8WU76 684 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 KRT84Q9NSB2 600 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CACNA2D2Q9NY47 1150 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 HDAC6Q9UBN7 1215 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ATP6V1B1P15313 513 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 C11orf88Q6PI97 169 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PIGOQ8TEQ8 1089 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 WDR60Q8WVS4 1066 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 GTF3C5Q9Y5Q8 519 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CHD4Q14839 1912 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 MAPK1P28482 360 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 GEMIN4P57678 1058 aaKnown RBP14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PTK6Q13882 451 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CCDC60Q8IWA6 550 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 RAD54LQ92698 747 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 C3orf70A6NLC5 250 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 HUS1O60921 280 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 FTLP02792 175 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ADD2P35612 726 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SERPINB8P50452 374 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CCT8P50990 548 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 NCALDP61601 193 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 TUBA4AP68366 448 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CCNJLQ8IV13 435 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 BDH2Q9BUT1 245 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 TTC7AQ9ULT0 858 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ZNF804BA4D1E1 1349 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 RRM2P31350 389 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PTPRN2Q92932 1015 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ZBED2Q9BTP6 218 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 WHRNQ9P202 907 aa14.93□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SLCO1B7G3V0H7 640 aa14.92□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 BTDP43251 543 aa14.92□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 MMGT1Q8N4V1 131 aa14.92□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SVOPQ8N4V2 548 aa14.92□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 APPL2Q8NEU8 664 aa14.92□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 STOML2Q9UJZ1 356 aa14.92□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.5 ms