RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538933.1

CLSTN3-208, Transcript of calsyntenin 3, human

TSL 3

Gene CLSTN3, Length 583 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLSTN3-208	ENST00000538933	GADD45B	O75293	160 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	ECI2	O75521	394 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PSMD10	O75832	226 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	MBD3	O95983	291 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CMA1	P23946	247 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	HOXA9	P31269	272 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	JAK3	P52333	1124 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	GRIN1	Q05586	938 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SIM2	Q14190	667 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	NFKBIB	Q15653	356 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	XKR3	Q5GH77	459 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	FUT10	Q6P4F1	479 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PRSS55	Q6UWB4	352 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PRR23B	Q6ZRT6	265 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	KDF1	Q8NAX2	398 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SNX29	Q8TEQ0	813 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	ZFP42	Q96MM3	310 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	NLRP4	Q96MN2	994 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	COLEC11	Q9BWP8	271 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	UNC45A	Q9H3U1	944 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	UBN1	Q9NPG3	1134 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	LMBRD1	Q9NUN5	540 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	HCFC1R1	Q9NWW0	138 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	ZMIZ1	Q9ULJ6	1067 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	MRPS17	Q9Y2R5	130 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933		A0A1B0GVL5	298 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	C1QTNF9B	B2RNN3	333 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CCL16	O15467	120 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	POU2F2	P09086	479 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	C1QTNF9	P0C862	333 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	ITGA4	P13612	1032 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SFN	P31947	248 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CCT6A	P40227	531 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SCNN1G	P51170	649 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SRSF5	Q13243	272 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PPP2R5C	Q13362	524 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	GAS6	Q14393	721 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	IL17A	Q16552	155 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	RTP2	Q5QGT7	225 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	AXDND1	Q5T1B0	1012 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	B3GNT9	Q6UX72	402 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CCDC34	Q96HJ3	373 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PYM1	Q9BRP8	204 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	RXFP3	Q9NSD7	469 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	DNMT3B	Q9UBC3	853 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SEPT9	Q9UHD8	586 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	KCNH3	Q9ULD8	1083 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	IPP	Q9Y573	584 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	ADAM12	O43184	909 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	FOXD2	O60548	495 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	C8A	P07357	584 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	KCNA4	P22459	653 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	MLH1	P40692	756 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SYK	P43405	635 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SATB1	Q01826	763 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CREM	Q03060	361 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PPM1L	Q5SGD2	360 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	RESP18	Q5W5W9	173 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	TANGO2	Q6ICL3	276 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SHC4	Q6S5L8	630 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	ANO5	Q75V66	913 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SRGAP1	Q7Z6B7	1085 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PDILT	Q8N807	584 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	IGSF22	Q8N9C0	903 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CNNM3	Q8NE01	707 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	RDM1	Q8NG50	284 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	LNX1	Q8TBB1	728 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	RABGGTA	Q92696	567 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	DNASE1L2	Q92874	299 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	IER2	Q9BTL4	223 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	EIF2A	Q9BY44	585 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	LMAN1L	Q9HAT1	526 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	ADAM28	Q9UKQ2	775 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	VAV3	Q9UKW4	847 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	HES2	Q9Y543	173 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PDCD11	Q14690	1871 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	HELZ2	Q9BYK8	2649 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PP2D1	A8MPX8	630 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CHURC1-FNTB	B4DL54	471 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	NRG2	O14511	850 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	DKC1	O60832	514 aa	Known RBP eCLIP	13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PFKFB1	P16118	471 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	FCAR	P24071	287 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CDC25A	P30304	524 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	STAT6	P42226	847 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	FNTB	P49356	437 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CCR3	P51677	355 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CYP4A11	Q02928	519 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	EPHA7	Q15375	998 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	SKOR2	Q2VWA4	1001 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	IL31	Q6EBC2	164 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	FAM160A2	Q8N612	972 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PRPF31	Q8WWY3	499 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	COL26A1	Q96A83	441 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	ELSPBP1	Q96BH3	223 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	EPSTI1	Q96J88	318 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	CCDC43	Q96MW1	224 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	EIF2AK1	Q9BQI3	630 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	TMEM121B	Q9BXQ6	578 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLSTN3-208	ENST00000538933	PANK2	Q9BZ23	570 aa		13.71	□□□□□ -0.21

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