RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000251722.10

USP40-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC

Gene USP40, Length 5,692 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-201ENST00000251722 PKP1Q13835 747 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 IGDCC4Q8TDY8 1250 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 SOCS4Q8WXH5 440 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 NR1H4Q96RI1 486 aaPredicted RBP13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 NSMCE4AQ9NXX6 385 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 KIAA1257Q9ULG3 409 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 UBQLN1Q9UMX0 589 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 EXTL3O43909 919 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 PDE5AO76074 875 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 DMPKQ09013 629 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 NNTQ13423 1086 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 TBCCQ15814 346 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 FSCBQ5H9T9 825 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 UBE2Q1Q7Z7E8 422 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 SERBP1Q8NC51 408 aaKnown RBP eCLIP13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 OXER1Q8TDS5 423 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 EMSYQ7Z589 1322 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 HSPA9P38646 679 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 INHBEP58166 350 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 PRKCEQ02156 737 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 FAM102AQ5T9C2 384 aaPredicted RBP13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ATF7IP2Q5U623 682 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 RCOR2Q8IZ40 523 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 EIF2AK3Q9NZJ5 1116 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 INTUQ9ULD6 942 aa13.45□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 MYCP01106 439 aaPredicted RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 RPA1P27694 616 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ILF2Q12905 390 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ELAVL2Q12926 359 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 SKIV2LQ15477 1246 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 USP50Q70EL3 339 aaPredicted RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 TRIML2Q8N7C3 387 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 C11orf70Q9BRQ4 267 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 STK33Q9BYT3 514 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 STRNO43815 780 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 TFRCP02786 760 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 FAM200BP0CF97 657 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 CHRM1P11229 460 aaPredicted RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 BACE1P56817 501 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 DHX34Q14147 1143 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 FOXP3Q9BZS1 431 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 CATSPERBQ9H7T0 1116 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 DIABLOQ9NR28 239 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ADORA2BP29275 332 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 EIF2B5Q13144 721 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 CYP4F22Q6NT55 531 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 SH3GL1Q99961 368 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 IQGAP1P46940 1657 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 FGGP02679 453 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ODC1P11926 461 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 GARTP22102 1010 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 PIGHQ14442 188 aaPredicted RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 P3H1Q32P28 736 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 EFHC1Q5JVL4 640 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 STAG2Q8N3U4 1231 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 C18orf8Q96DM3 657 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 SIKE1Q9BRV8 207 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 GIMAP4Q9NUV9 329 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 DNAJC17Q9NVM6 304 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ATP8A1Q9Y2Q0 1164 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 LRRC53A6NM62 1247 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 H0YC42 278 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 IL1R1P14778 569 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 MLH1P40692 756 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 RAB27AP51159 221 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 TRADDQ15628 312 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 AGPAT1Q99943 283 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ABCB6Q9NP58 842 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 TRIM33Q9UPN9 1127 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 AGAP1Q9UPQ3 857 aa13.44□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 PLSCR1O15162 318 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 TADA3O75528 432 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 RHOBTB3O94955 611 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 PYGBP11216 843 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 MRPS25P82663 173 aaKnown RBP13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 TRIM60Q495X7 471 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 MTHFD1LQ6UB35 978 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 CRLF3Q8IUI8 442 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 DCUN1D1Q96GG9 259 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 CATSPER2Q96P56 530 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 NWD1Q149M9 1564 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 E5RI56 91 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 SLC4A1P02730 911 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 KRT8P05787 483 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 VIL1P09327 827 aaKnown RBP13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ARPC4P59998 168 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 MRPS15P82914 257 aaKnown RBP13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 PDXDC1Q6P996 788 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 BTN2A1Q7KYR7 527 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 NDE1Q9NXR1 346 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ZFATQ9P243 1243 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ALDH1A3P47895 512 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 TPI1P60174 286 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 LRRC37BQ96QE4 947 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 ZC3H4Q9UPT8 1303 aaKnown RBP13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 COPEO14579 308 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 SRGNP10124 158 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 GTF2H1P32780 548 aa13.43□□□□□ -0.26
USP40-201ENST00000251722 UGP2Q16851 508 aa13.43□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.1 ms