RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	AVPR2	P30518	371 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	BRCC3	P46736	316 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF131	P52739	623 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	MCL1	Q07820	350 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	REST	Q13127	1097 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB33A	Q14088	237 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPA	Q15257	358 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC10A6	Q3KNW5	377 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP57	Q86XR8	500 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM130	Q8N3G9	435 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	C18orf25	Q96B23	403 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	REEP2	Q9BRK0	252 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TOPORS	Q9NS56	1045 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	MTRR	Q9UBK8	725 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TDRD15	B5MCY1	1934 aa	Known RBP	13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D4	O60343	1298 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	BMP15	O95972	392 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PLCG1	P19174	1290 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXA9	P31269	272 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	LONP1	P36776	959 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	YARS	P54577	528 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TDG	Q13569	410 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	NOLC1	Q14978	699 aa	Known RBP eCLIP	13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	KARS	Q15046	597 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	SF3A1	Q15459	793 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	SEZ6	Q53EL9	994 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	CWF19L1	Q69YN2	538 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ELMSAN1	Q6PJG2	1045 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZPBP2	Q6X784	338 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	APBB1IP	Q7Z5R6	666 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	GPBP1	Q86WP2	473 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM105	Q8N8V8	129 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	RSAD2	Q8WXG1	361 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	CDK5RAP3	Q96JB5	506 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PHOX2B	Q99453	314 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ODF2L	Q9ULJ1	636 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	DUSP12	Q9UNI6	340 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	BACE2	Q9Y5Z0	518 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	C2orf16	Q68DN1	1984 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PODXL	O00592	558 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	NARS	O43776	548 aa	Known RBP	13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PIGR	P01833	764 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	C8A	P07357	584 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	POU2F2	P09086	479 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	HNRNPA1	P09651	372 aa	Known RBP eCLIP	13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	HARS	P12081	509 aa	Known RBP	13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	NPR3	P17342	541 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	NTHL1	P78549	312 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	MCM6	Q14566	821 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PDXDC1	Q6P996	788 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	USP49	Q70CQ1	688 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	RAD54L	Q92698	747 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ACAP3	Q96P50	834 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	BACH2	Q9BYV9	841 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	IGSF9	Q9P2J2	1179 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKFY1	Q9P2R3	1169 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO2	Q9UK22	296 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	CLIC4	Q9Y696	253 aa		13.09	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TTC26	A0AVF1	554 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	ANHX	E9PGG2	379 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	CXCL8	P10145	99 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	SYT1	P21579	422 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	GBP2	P32456	591 aa	Predicted RBP	13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	OR1D2	P34982	312 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	UBA7	P41226	1012 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	SMTN	P53814	917 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPN5	P54829	565 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	STRN3	Q13033	797 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL58	Q14197	206 aa	Known RBP	13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB41	Q5SVQ8	909 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC8B1	Q6J4K2	584 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC39A4	Q6P5W5	647 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	HAUS6	Q7Z4H7	955 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	GRASP	Q7Z6J2	395 aa	Predicted RBP	13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	ALYREF	Q86V81	257 aa	Known RBP	13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC7A14	Q8TBB6	771 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	STAM	Q92783	540 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	TCHP	Q9BT92	498 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	CCSER1	Q9C0I3	900 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC38A7	Q9NVC3	462 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	LARS	Q9P2J5	1176 aa	Known RBP	13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	TUBGCP4	Q9UGJ1	667 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	CDY1	Q9Y6F8	540 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	CCL16	O15467	120 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	CLDN3	O15551	220 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	ADRB2	P07550	413 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	LAMP2	P13473	410 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL9	P32969	192 aa	Known RBP	13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFSF9	P41273	254 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	MRE11	P49959	708 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	HTR4	Q13639	388 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB6	Q15916	424 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	VARS2	Q5ST30	1063 aa	Known RBP	13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	AXDND1	Q5T1B0	1012 aa	Predicted RBP	13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	LIN9	Q5TKA1	542 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	POTEH	Q6S545	545 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKS3	Q6ZW76	656 aa		13.07	□□□□□ -0.32
PTPRF-211	ENST00000467464	GET4	Q7L5D6	327 aa	Predicted RBP	13.07	□□□□□ -0.32

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