RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	LMNB2	Q03252	620 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PPP2R5C	Q13362	524 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ITPK1	Q13572	414 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	GRIK5	Q16478	980 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SNX30	Q5VWJ9	437 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PADI6	Q6TGC4	694 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	STK32A	Q8WU08	396 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SPOCK2	Q92563	424 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ACSF2	Q96CM8	615 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TLCD1	Q96CP7	247 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	DDX50	Q9BQ39	737 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	THTPA	Q9BU02	230 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TBC1D10A	Q9BXI6	508 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SLC13A1	Q9BZW2	595 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	LRRC4C	Q9HCJ2	640 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PRM3	Q9NNZ6	103 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	MRC1	P22897	1456 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CREB3	O43889	395 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC22	O60826	627 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ZBED4	O75132	1171 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CHKA	P35790	457 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	POLG	P54098	1239 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TMED1	Q13445	227 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	RASA3	Q14644	834 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	RRP1B	Q14684	758 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	C16orf86	Q6ZW13	317 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	MAGEC3	Q8TD91	643 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ATXN2L	Q8WWM7	1075 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	MYH6	P13533	1939 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	AFF2	P51816	1311 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	C5orf60	A6NFR6	353 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147		B2RBV5	119 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ATP9A	O75110	1047 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TOM1L1	O75674	476 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	UNC5C	O95185	931 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SLURP2	P0DP57	97 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	MMP14	P50281	582 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CAV1	Q03135	178 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TRAF1	Q13077	416 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ARMC3	Q5W041	872 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	RINT1	Q6NUQ1	792 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CYFIP1	Q7L576	1253 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SPATA24	Q86W54	205 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CKAP2	Q8WWK9	683 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TEKT1	Q969V4	418 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	DDX27	Q96GQ7	796 aa	Known RBP	11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	FAM20A	Q96MK3	541 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	AGPAT3	Q9NRZ7	376 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	NDE1	Q9NXR1	346 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	DPPA5	A6NC42	116 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ZWINT	O95229	277 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CALCA	P01258	141 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PTDSS1	P48651	473 aa	Known RBP	11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	LAMB3	Q13751	1172 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PPP2R5D	Q14738	602 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	BRDT	Q58F21	947 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ISLR2	Q6UXK2	745 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	RGS9BP	Q6ZS82	235 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ST13P4	Q8IZP2	240 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	GSDMB	Q8TAX9	411 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	NGLY1	Q96IV0	654 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	BCAS3	Q9H6U6	928 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	DCLRE1B	Q9H816	532 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	DNAJC18	Q9H819	358 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ZWILCH	Q9H900	591 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	EME2	A4GXA9	379 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147		H3BRJ5	948 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	KRT10	P13645	584 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	PRKCI	P41743	596 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF268	Q14587	947 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	DAB2IP	Q5VWQ8	1189 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	PDIK1L	Q8N165	341 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	CEP70	Q8NHQ1	597 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	RNF217	Q8TC41	542 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	SLC26A7	Q8TE54	656 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF384	Q8TF68	577 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	CFAP36	Q96G28	342 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF317	Q96PQ6	595 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	CALN1	Q9BXU9	219 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	OSBPL8	Q9BZF1	889 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGEF10L	Q9HCE6	1279 aa		11.71	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	TESPA1	A2RU30	521 aa	Predicted RBP	11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	ANKRD63	C9JTQ0	380 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	TLR3	O15455	904 aa	Known RBP	11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	LPXN	O60711	386 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	KLRC3	Q07444	240 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	NR1H3	Q13133	447 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	SLC35G1	Q2M3R5	365 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	LGSN	Q5TDP6	509 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	PIGW	Q7Z7B1	504 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	SLC47A2	Q86VL8	602 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	RASSF3	Q86WH2	238 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	RHPN2	Q8IUC4	686 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	CENPK	Q9BS16	269 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-244	ENST00000636147	TSSK1B	Q9BXA7	367 aa		11.7	□□□□□ -0.54

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