RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	MYB	P10242	640 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	VCP	P55072	806 aa	Known RBP	13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	NHLH1	Q02575	133 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	GRIN1	Q05586	938 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SOX4	Q06945	474 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	DMP1	Q13316	513 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	MTMR3	Q13615	1198 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM132A	Q24JP5	1023 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ARSH	Q5FYA8	562 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP26C1	Q6V0L0	522 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA31D4	Q6ZUB0	917 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PALB2	Q86YC2	1186 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	KCTD17	Q8N5Z5	321 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM161B	Q8NDZ6	487 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	LNX1	Q8TBB1	728 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SPIRE2	Q8WWL2	714 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	DRC1	Q96MC2	740 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PLIN2	Q99541	437 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CLSTN3	Q9BQT9	956 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TIPIN	Q9BVW5	301 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEKHA4	Q9H4M7	779 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	UPF2	Q9HAU5	1272 aa	Known RBP	13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	GOLGA2P5	Q9HBQ8	144 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR6	Q9NNW5	1121 aa	Known RBP	13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	KMT5A	Q9NQR1	393 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXW11	Q9UKB1	542 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CLUH	O75153	1309 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM28	A0A1B0GU29	152 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BQV1	296 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC16A4	O15374	487 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PLS3	P13797	630 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	FGFR3	P22607	806 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	RAD51AP2	Q09MP3	1159 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF568	Q3ZCX4	644 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	GLYCTK	Q8IVS8	523 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	UBALD2	Q8IYN6	164 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PLCD3	Q8N3E9	789 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNN1	Q92952	543 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB45	Q96K62	511 aa	Predicted RBP	13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	SNX27	Q96L92	541 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZMAT2	Q96NC0	199 aa	Known RBP	13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TTPAL	Q9BTX7	342 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL4	Q9BYD3	311 aa	Known RBP	13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	NT5C3A	Q9H0P0	336 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	BLOC1S4	Q9NUP1	217 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZDHHC7	Q9NXF8	308 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	13.14	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF318	Q5VUA4	2279 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PLXNA3	P51805	1871 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	NPHP3-ACAD11	A0A0J9YXS1	232 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PLA2G4B	P0C869	781 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	MAPT	P10636	758 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	MCF2	P10911	925 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNE1	P15382	129 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	CLCNKB	P51801	687 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	CREM	Q03060	361 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMD5	Q16401	504 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	UPP1	Q16831	310 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM171A1	Q5VUB5	890 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	LARP1B	Q659C4	914 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	MPZL3	Q6UWV2	235 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	RSPO2	Q6UXX9	243 aa	Predicted RBP	13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PDZRN4	Q6ZMN7	1036 aa	Predicted RBP	13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	OTOP3	Q7RTS5	596 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	MYADM	Q96S97	322 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	HAPLN2	Q9GZV7	340 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	CNTN3	Q9P232	1028 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	DPP7	Q9UHL4	492 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	MUC6	Q6W4X9	2439 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC26A4	O43511	780 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZMYND10	O75800	440 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TKT	P29401	623 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	NCKAP1L	P55160	1127 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	OSTN	P61366	133 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	CACNB1	Q02641	598 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TCF15	Q12870	199 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ELAVL2	Q12926	359 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZRSR1	Q15695	479 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	DCLRE1A	Q6PJP8	1040 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	BRAP	Q7Z569	592 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB33	Q86T24	672 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	SUGP1	Q8IWZ8	645 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	SMG7	Q92540	1137 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	ACSF2	Q96CM8	615 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX27	Q96GQ7	796 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	AK8	Q96MA6	479 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	UROC1	Q96N76	676 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	FIZ1	Q96SL8	496 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC94	Q9BW85	323 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	PRKD2	Q9BZL6	878 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNK12	Q9HB15	430 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	KCND2	Q9NZV8	630 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	EPS15L1	Q9UBC2	864 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	KMT2E	Q8IZD2	1858 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464		I3L4J1	428 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM189A1	O60320	539 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	TOM1L1	O75674	476 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PTPRF-211	ENST00000467464	B3GAT3	O94766	335 aa		13.11	□□□□□ -0.31

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.2 ms