RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597172.5

TRIM28-208, Transcript of tripartite motif containing 28, human

TSL 2

Gene TRIM28, Length 577 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRIM28-208	ENST00000597172	PHF7	Q9BWX1	381 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	DHX33	Q9H6R0	707 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	XPNPEP1	Q9NQW7	623 aa		10.44	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	KCND2	Q9NZV8	630 aa		10.44	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SFI1	A8K8P3	1242 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	BIN1	O00499	593 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	LINC01565	O15544	149 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	USO1	O60763	962 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	HIP1R	O75146	1068 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	MAF	O75444	373 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	DGAT1	O75907	488 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SMC2	O95347	1197 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	GTF2F1	P35269	517 aa	Known RBP eCLIP	10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	NDUFV1	P49821	464 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF131	P52739	623 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ASIC1	P78348	528 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	MORC3	Q14149	939 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	IKBKE	Q14164	716 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	KCNB1	Q14721	858 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	KIAA0753	Q2KHM9	967 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	MARCH8	Q5T0T0	291 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	MAEA	Q7L5Y9	396 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ZBTB33	Q86T24	672 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SP7	Q8TDD2	431 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	HPS3	Q969F9	1004 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ZBTB10	Q96DT7	871 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	MSLNL	Q96KJ4	702 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	MTG1	Q9BT17	334 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SETD4	Q9NVD3	440 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	PANK4	Q9NVE7	773 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF215	Q9UL58	517 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	NOD1	Q9Y239	953 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	WDR81	Q562E7	1941 aa		10.43	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	TANC1	Q9C0D5	1861 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	RHOBTB3	O94955	611 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	C22orf31	O95567	290 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	KRT18	P05783	430 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SMIM10L2A	P0DMW4	78 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SMIM10L2B	P0DMW5	78 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	IDE	P14735	1019 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	KLRC1	P26715	233 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	HOXC8	P31273	242 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ARL2	P36404	184 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	NLRP12	P59046	1061 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	CHMP4BP1	P59074	171 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF445	P59923	1031 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	IGBP1	P78318	339 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ADAM17	P78536	824 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	HTRA4	P83105	476 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	COASY	Q13057	564 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	DRP2	Q13474	957 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	GRIK4	Q16099	956 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	TCTN1	Q2MV58	587 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	LINC01465	Q8N7H1	131 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SMRP1	Q8NCR6	262 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	TIPIN	Q9BVW5	301 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	GPRC5C	Q9NQ84	441 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ODF2L	Q9ULJ1	636 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	PPME1	Q9Y570	386 aa		10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ASH1L	Q9NR48	2969 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	HELZ2	Q9BYK8	2649 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	COL1A2	P08123	1366 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	RRN3P2	A6NIE6	340 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	CXCL10	P02778	98 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	CD44	P16070	742 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SELP	P16109	830 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SDHB	P21912	280 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	RFC5	P40937	340 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	POLG	P54098	1239 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ATXN1	P54253	815 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF200	P98182	395 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	TYRO3	Q06418	890 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	TBC1D8B	Q0IIM8	1120 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	STK4	Q13043	487 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	PPFIA1	Q13136	1202 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	EMC2	Q15006	297 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM102B	Q5T8I3	360 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	NFRKB	Q6P4R8	1299 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	MTHFD1L	Q6UB35	978 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SASS6	Q6UVJ0	657 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	LRSAM1	Q6UWE0	723 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	SFR1	Q86XK3	245 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	CCDC65	Q8IXS2	484 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	TRIML1	Q8N9V2	468 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	GLIS3	Q8NEA6	775 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	CAGE1	Q8TC20	777 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	BSND	Q8WZ55	320 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	TMEM143	Q96AN5	459 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	CCDC43	Q96MW1	224 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	FIZ1	Q96SL8	496 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	KATNAL1	Q9BW62	490 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	FGFBP2	Q9BYJ0	223 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	LMAN2L	Q9H0V9	348 aa		10.41	□□□□□ -0.74
TRIM28-208	ENST00000597172	ATP6V0A4	Q9HBG4	840 aa		10.41	□□□□□ -0.74

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