RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	MGEA5	O60502	916 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC7A5	Q01650	507 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	ENOSF1	Q7L5Y1	443 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	PGBD4	Q96DM1	585 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CENPK	Q9BS16	269 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	NYAP2	Q9P242	653 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC188	H7C350	402 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	PODXL	O00592	558 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CETP	P11597	493 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	XKR3	Q5GH77	459 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM102A	Q5T9C2	384 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	NUDT18	Q6ZVK8	323 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	SIK2	Q9H0K1	926 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	PRR29	P0C7W0	189 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	GRIK1	P39086	918 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	OCRL	Q01968	901 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	ANGPTL8	Q6UXH0	198 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	SPATA2L	Q8IUW3	424 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF25	Q96BH1	459 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CTNND1	O60716	968 aa	Known RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	ESRRB	O95718	433 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	NCF2	P19878	526 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CUL1	Q13616	776 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC92	Q53HC0	331 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	BATF3	Q9NR55	127 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	MAP3K7	O43318	606 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM49	P0CI25	452 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM49C	P0CI26	452 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	MXD4	Q14582	209 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	DCAF4L1	Q3SXM0	396 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	ATG16L1	Q676U5	607 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	YIPF3	Q9GZM5	350 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	DYRK4	Q9NR20	520 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	EMSY	Q7Z589	1322 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT7	P08729	469 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	MYBL1	P10243	752 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	STMN1	P16949	149 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	GFPT1	Q06210	699 aa	Predicted RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	NNT	Q13423	1086 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	HEATR6	Q6AI08	1181 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CAPRIN2	Q6IMN6	1127 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL13	Q8NEE6	735 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	SEPT1	Q8WYJ6	367 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	RGL1	Q9NZL6	768 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	LCP1	P13796	627 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	RANBP1	P43487	201 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CDR2	Q01850	454 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CACNB2	Q08289	660 aa	Predicted RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	ART3	Q13508	389 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	IER5	Q5VY09	327 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF746	Q6NUN9	644 aa	Predicted RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	SARM1	Q6SZW1	724 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	GUF1	Q8N442	669 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	GOLPH3L	Q9H4A5	285 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	ABHD10	Q9NUJ1	306 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	TXLNG	Q9NUQ3	528 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	TADA2A	O75478	443 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	DGAT1	O75907	488 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	HSPA4L	O95757	839 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	EIF3B	P55884	814 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	AP1B1	Q10567	949 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	PDCD2	Q16342	344 aa	Predicted RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	ZBTB18	Q99592	522 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	TIPIN	Q9BVW5	301 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	DHX35	Q9H5Z1	703 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	VCPKMT	Q9H867	229 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A27	O95847	323 aa		13.96	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP2C1	P98194	919 aa	Predicted RBP	13.96	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	SBK1	Q52WX2	424 aa		13.96	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM72	Q6ZMU5	477 aa		13.96	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	DACT3	Q96B18	629 aa	Predicted RBP	13.96	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	NOVA2	Q9UNW9	492 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		13.96	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		13.96	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	KIF28P	B7ZC32	967 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447		H3BRJ5	948 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	UPP2	O95045	317 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	NR1D1	P20393	614 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	GYS2	P54840	703 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	SREBF2	Q12772	1141 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD20A4	Q4UJ75	823 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD20A8P	Q5CZ79	823 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD20A2	Q5SQ80	823 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD20A1	Q5TYW2	823 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	ITPRIPL1	Q6GPH6	555 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	TTC23L	Q6PF05	361 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	GPRC5A	Q8NFJ5	357 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	SNX19	Q92543	992 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM143	Q96AN5	459 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	DDX50	Q9BQ39	737 aa	Known RBP	13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	TJP2	Q9UDY2	1190 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	NR3C2	P08235	984 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	CDK17	Q00537	523 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	TMED1	Q13445	227 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	LMBRD2	Q68DH5	695 aa	Predicted RBP	13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	CLEC17A	Q6ZS10	378 aa		13.95	□□□□□ -0.18

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